区内大中型水面多跨省、地（市）、县界，由于水面界址难定，资源多变化，作业流动，为争渔利，纠纷时起。其主要纠纷与案件有：
太白湖纠纷安徽、江西交界的太白湖渔事纠纷由来已久。清乾隆三十六年（1771年）因纠纷经东流县衙判决，从香口到太白湖麻姑山5里的地方，划到对岸双墩为界。上归彭泽，下归东流。1958年，因上游扎屏、下游反对而闹起纠纷，经协商共办太白湖渔场。1960年3月，经两省地、县会商确定，由江西单方经营。渔场干部工人原系安徽的由安徽调回，个别不愿回去的，作个别处理。
莲花洲鱼苗埠位纠纷莲花洲系望江县境内江段。1958年3月在地委召开的水产会议上，经桐城、望江两县协商，以支援鱼师作为交换条件，此埠位定给桐城。1961年，地委通知“本年各县鱼苗张捕埠位按过去规定不变”，但望江鸦滩公社和青草湖农场为发展鱼苗生产，启用这些埠位，因而发生纠纷。经地监委会同地委政法委、农工部等有关单位组成的调查组调查，最后地委领导指示望江撤让。至1963年4月，望江县人委以望副字第029号文件，发出《关于不得占用桐城县鱼苗生产埠位的通知》，纠纷才得以平息。
枞阳长河蟹位纠纷1985年，安庆市花山乡梅林村渔民未经长河管委会许可，擅自安排作业在长河捕蟹，与枞阳渔民发生纠纷，管委会出面，未能制止。当年9月，在安庆状元府宾馆召开会议，邀请了安庆市代表参加，学习有关规定协议，形成纪要，并经省水产局多次调停，纠纷方告结束。
武昌湖抢鱼事件1979年冬，望江县武昌公社大常大队常姓数人抢去县水产公司鲜鱼几万斤，砸坏水产公司汽车1辆、县水产公司房屋7间，打伤公安干警6人，有关部门对3名为首分子依法予以判刑。1980年，武昌湖冬捕，沿湖群众下湖2000多条船，哄抢鲜鱼，为首4人被拘留。
白荡湖抢鱼事件1979年12月，枞阳县白荡湖渔场在鳌山大圩捕捞时，金渡、后方两公社群众，下湖抢走鲜鱼约10万公斤，捕捞被迫停止。水产公司13条收购船上尚有2万多公斤鲜鱼，连夜转运，船航行至湖中搁浅，群众又蜂拥而上抢走鲜鱼1万多公斤。地委派水产、公安、检察、法院等部门前往处理，追回部分鱼款，拘留3人。
复兴农民炸死白鳍豚事件1984年3月，宿松县复兴镇老岸村农民8人，在小孤山附近江段用炸药炸死白鳍豚、江猪各两头。事件发生后，省地领导责成宿松县迅速查处。宿松县人民法院对主犯判处有期徒刑1年，其他从犯分别予以拘留和罚金，并布告张贴全区。