明清之际，城内较著名的中药店坊已有多处。清末，始有西药经营。民国27年(1938)安庆沦陷前夕，中西药业共有私营店房48户，均为前店后坊，自购、自产、自销。沦陷期间，多数店房关闭，市场萎缩。战后有所恢复。1949年，城内药业店房有50户，生产经营规模远不及当年。
解放初期，私营医药店房有所发展。“一五”计划实施后，国营医药机构建立。1955年对生产经营规模较大的中西药各5户批发商先期进行社会主义改造。次年，全行业实现公私合营，53户中药店、17户西药房合并，分别成立国药和新药业总店，以及饮片加工厂和余良卿膏药厂，工商初步划开，企业、产品和网点结构同步调整。1960年，中西药合并经营，成立医药公司，医药工商最后分开。当年，工业企业实现产值147.72万元，利润34.74万元，税金7.9万元；商业企业完成商品销售总额170.78万元，利润15.24万元，税金1.41万元。1963年，国民经济调整期间，医药商业企业强化责任市场意识，工业企业则在恢复传统制作的同时开发新品种，并致力于设备添置、技术改造。1965年，中药制药厂迁址新建，余良卿膏药厂开发新剂型橡皮膏，企业开始改变传统生产方式，规模扩大。“文化大革命”初期，生产半停顿。70年代初，生产化学药的第三制药厂建成投产，生物化学药在停产多年后复产，并正式建立企业；第一制药厂开始剂型改造，发展针、片剂生产；第二制药厂迁址新建。医药工业3大行业基本形成。
1976年，医药系统工业企业实现产值509.91万元，利润7.69万元，税金24.46万元；商业企业完成商品销售总额355.47万元，利润8.96万元，税金1.76万元。企业固定资产原值188.78万元。
1980年，市医药管理局成立，医药工商企业实行归口管理。医药工业企业开发新品种，扩大生产规模，实行产供销一体、生产经营合一。商业企业广开渠道，商商结合、商工结合，扩大经营范围，形成自购自销、自主经营的格局。1988年，全市医药工业共生产化学原料药450吨，中成药1380吨，实现工业总产值5669万元(1980年不变价)。其中，市医药局系统工业企业实现产值2635.9万元，利润269.3万元，产品销售税金70.58万元；商业企业完成商品销售总额1468万元，利润70万元，税金9万元。企业固定资产原值1137.85万元，净值852万元。