1956年以前，广济圩水系的三大湖水深适中，水生植物和底栖动物遍布全湖。菱湖以多菱得名，元代从杭州引进白花、红花两个藕种，此后菱藕间作，盛产期年出藕量达150万公斤。市境长江段为鲥鱼回游带，1951—1953年年均捕量达15万公斤。1956年后，湖泊污染日趋严重，菱藕产量锐减，鲥鱼也因酷捕而近绝迹。1988年，水域总面积19.7万亩。可养水面11.16万亩，其中湖泊9.78万亩，池塘1.3万亩，水库0.08万亩。已养水面9.61万亩，其中湖泊8.52万亩，池塘1.01万亩，水库已全部放养。