1950年6月，合肥水陆运输营业部开始营业。翌年，更名为合肥联运营业部，设财务、联运、总务3个股和装卸、押运、马车、大车、手车、木帆船6个搬运装卸运输队，有正式职工100余名。部址在尚武街。1951年，迁址于胜利路59号。部下设2个货栈：第一货栈位于明光路火车站旁；第二货栈位于坝上街河下码头附近。其业务职能是组织合肥江淮马车社的马车及其他运载工具，统一受理衔接铁路、公路、水路货物托运、中转、接送、结算等各种货物联运服务。1952年8月，设火车站、孝肃桥2个营业部及三河、炉桥、蔡家岗、九龙岗、下岗集5个联运站。1953年5月，2个营业部分别更名为省联运公司合肥第一、第二营业所，并增加了零担、整车货运等业务项目。同年8月，因被指控为“大联运主义”、“统得过死”而受到批判，机构撤销，被并入合肥汽车站。
1958年上半年开始“大办钢铁”，火车站、港口的货物严重积压。下半年，市运输指挥部成立，组织铁路、公路、水路、搬运“一条龙”运输大协作，使车站、码头货物积压局面改观。
1965年元月，市成立联合运输办公室。1966年10月，地方铁路、公路、航运、搬运、联运5家联合办公。1968年6月，市统一运输指挥部组建，下设联合运输办公室，先后与省内外5000多个单位建立联系。
1982年5月，省联运办公室将所属的铁路公路联运组划交合肥市联运办公室管理，并将其更名为合肥市联合运输办公室联运服务站。1984年2月22日，市联运服务公司成立，隶属市交通局，与市联办是一套班子、两块牌子。内设政秘、财务、业务3个科室和2个营业部，主营铁路、公路、水路联合运输业务。当年完成营收13.6万元，利润7.7万元，税金4.9万元。1985年5月，市联办将房产、业务移交市联运服务公司。1986年，市联运服务公司更名为市联运公司。1987年，市联运公司有职工71名，年完成营收71.5万元、利润10万元，上缴税金5.7万元。
联运设施
1951年，华东联运公司皖北区公司合肥联运营业部第一货栈，在明光路火车站售票处旁建草、瓦房及铁皮棚1400平方米作仓库，维持小批量联运货物中转保管，将较大批量的联运货物储存于露天货场。
1952年，皖北区公司在胜利路(合肥市运输公司59号楼旁)征5亩多地，兴建办公楼2幢计3622平方米。同年，火车站将零担运输业务委托联运营业部办理，运输量比上年同期增加2.5倍。联运营业部将明光路草房改成铁皮棚仓库，又购买坝上街21间瓦房作储存设施和办公室。1964年后，省交通厅投资70万元，在张洼路段征地40亩，建造一条长520米的铁路专用线，兴建4幢库场(使用面积2220平方米)、2栋平房宿舍。1966年“文化大革命”开始后，兴建仓库及设施的计划项目陆续停止，原计划投资的70万元，仅用了38万多元。1969年4月，联运营业部及其办公场所、仓储、专用线等设施，都被成建制地下放给市交通支队管理。
1981年4月，省交通厅决定将合肥市三角线联运仓库，包括货场、仓库、办公室、宿舍、土地、交通工具、铁路专用线、照明与消防设备、结余的专用资金等，以及专办联运业务的工作人员，移交给省联运服务公司。
1984年4月，市联运公司成立。因无仓库设施，就租赁市南七铁路专用线约300平方米货场，办理公路转铁路联运业务。
1985年，市联运公司有仓库和货场340平方米。在办理货物联运时，通常是利用车站、港口码头的货场仓库就地组织中转。1987年6月，市联运公司第二营业部在胜利路雷大郢30号，购房90.3平方米作铁路、公路、水路联运中转经营场地。此外，省联运公司还在合肥市建有仓储总建筑面积31200平方米，其中使用面积28000平方米。
货物联运
1949年前，合肥无货物联运机构。1950年6月，华东联运公司皖北区公司合肥水陆运输营业部挂牌营业伊始，即组织牛车、马车、人力车、排筏，利用汽车、火车、大小轮船等运输工具，为货主办理托运、中转、接送货物等各种水陆联运业务，并派员随车船押送重要物资。
1953年5月，省联运公司合肥第一、二营业部对外正式受理铁路、公路、水路货物中转衔接、包装、整理等联运业务，承担零担(零星)、整车(整批)货物联运。
1955年7月11日，合肥联运营业所办理店埠、柘皋、古河、全椒、界首等沿线车站，兼办直达南京、上海等地的联运业务。
1958年“大跃进”时期，公路、铁路、水路待运物资积压、堵塞。省、市成立运输指挥部，实行“三统”(统一计划、统一指挥、统一调配动力)管理办法，组织铁路、公路、水路、搬运“一条龙”联运大协作，加快货物中转，减少物资积压。1964年11月，省联运公司将合肥营业部成建制地下放给合肥市交通局。这一时期，其主要业务是中转外运来自六安、大别山等地区的土特产，运进工业品及人民群众生活必需品。年货物联运量13万吨。
1969～1979年，市联运部门开办货物直运业务，减少货物在路途中转环节，降低运费，提高效率。1979年，市联合运输办公室火车站二号门货物联运组和合肥港二码头货物联运组，共办理火车转汽车直运货量260万吨，汽车、船舶互转直运货量44万吨。是年，上海——合肥——六安一线的铁路、公路集装箱及零担货联运，被交通部列为全国5条集装箱试点路线之一。
1982～1983年，市联合运输办公室联运服务站实行铁路、公路运费一票计算，送货上门。两年累计完成联运、中转、换装各种物资9.2万余批(次)、67万余件，联运量3.4万余吨。1984年，市联运服务公司采取在港(站)就地将货物捆箱直接装上船(车)的联运措施，办理经合肥的铁路、公路、水路、航空中转、换装业务，还办理全国各地整批、零担、行包快件、集装箱联运业务。1985年，与省内11个地、市、县联运公司签订了互相代办联运货物中转的“多边协议”，还与镇江、天津、济南、上海等地联运公司建立了业务联系。当年完成联运量6万吨，实现利润7.74万元。1987年，先后与六安、安庆等地、市的联运部门和物资单位签订联运合同406份，与北京、天津、上海、南京、武汉等28家市级联运企业，签订了互相代办联运货物中转的协议，形成了以合肥车站、港口为依托的辐射全国的铁路、公路、水路联运网络。旅客联运
1969年，市联合运输办公室在胜利路94号设旅客联运售票处，正式办理铁路、公路、水路联运客票预订、代售、联售业务，发售芜湖港上、下水大轮客票，芜湖——安庆线小轮客票，蚌埠站、港汽车、小轮客票和芜湖地区汽车客票。旅客一次可买到铁路、公路、水路不同运输工具联运的客票，使换乘车、船时间紧密衔接。以往从芜湖换乘大轮的旅客，因要分段购票，往往需要在芜湖滞留2天时间才能乘上大轮。自开办旅客联运以后，当天就可以转乘大轮。至1982年，合肥先后开通了经芜湖转宣城、广德、宁国、绩溪、歙县、屯溪、祁门、黄山等市、县和至宜兴、景德镇、杭州的铁路、公路旅客联运线。1983年，又开通经蚌埠转淮北、阜阳、亳县、蒙城、涡阳、界首、太和、临泉、颍上等市、县的铁路、公路旅客联运线，和经芜湖转上海、武汉、重庆方向，经上海去宁波方向，经安庆至武汉、重庆、上海方向的公路、水路旅客联运线。
至1984年末，合肥联运售票处计售联运客票54.2万张，其中汽车客票21.2万张，火车客票16.8万张，轮船客票16.2万张；代办客运收入125.84万元。
1985年，市联运公司联运售票处归属市铁路专用线管理委员会办公室管辖，继续办理联运售票。1987年，只代售经芜湖港转乘的上、下水大轮客票。
联运费率
1964年12月，合肥执行《安徽省联运业务核收服务费、什费、中转包干费规定(草案)》。代办水运和铁路运输的联运服务费率为：零担200公斤起运，每200公斤出口仓库接货中转换装0.60元，码头接货0.40元，进口仓库交货0.50元，码头交货0.30元；零担进出口货物重量501公斤至5000公斤，每增加500公斤加0.50元，码头接货和码头交货0.30元，进口仓库交货0.40元；超过5000公斤按整批货物核收，码头接货和仓库交货每吨0.20元，仓库接货每吨0.25元，码头交货每吨0.15元，中转换装每吨0.30元。代办铁路运输出口的服务费率：整车联运每车4.00元，仓库接货每车8.00元，码头交货每车2.00元，中转换装每车9.00元。
代办汽车零担运输服务费率：每200公斤出仓库接货0.80元，出车站接货0.50元，进仓库交货0.50元，进车站交货0.30元，中转换装1.00元；零担货物重量501公斤至1000公斤，仓库接货1.70元，码头接货和仓库交货1.20元，码头交货0.90元，中转换装1.90元；零担货物重量2501公斤至3000公斤，仓库接货3.70元，码头接货和仓库交货300元，码头交货2.10元，中转换装3.90元；零担货物重量3000公斤以上按整车(批)货物收费，以每吨计算，仓库接货0.30元，码头接货和仓库交货0.20元，码头交货0.10元，中转换装0.40元。
代办航空零担运输服务费率：每100公斤，仓库接货0.80元，仓库交货0.50元，中转换装0.90元；1001至1500公斤，仓库接货3.00元，仓库交货2.00元，中转换装4.20元。
代办进出口代提代送零担货物服务费率：按市区搬运价计算，重量不足100公斤按100公斤核收服务费0.10元，起收额每笔0.60元。
代办竹木排运输按木船服务费标准成本计费：每一运单最低收费标准为0.50元；代办民间用板车、平车、驴马、肩挑运输的服务费按其运费5％核收；笨重货物每件500公斤以上(包括500公斤)、不足1000公斤的按服务费率加收50％，每件超过1000公斤以上(包括1000公斤)、不足2000公斤的按服务费率加收100％，每件超过2000公斤以上(包括2000公斤)的服务费标准面议；鲜活、危险、易碎、贵重货物按服务费率加收50％。
1980年8月，合肥联运办公室执行省联运服务公司《代办铁路、水路及集装箱中转换装联运服务费率》。代办铁路、公路、水路中转换装零担100公斤以下服务项目费率为：服务费0.30元，(装)卸费0.15元；当天进站换装包干0.45元，进仓待候或提取换装包干0.95元；仓保费每天0.10元，市区搬运费1.40元，(装)卸费1.10元。整车(2500公斤以上)费率标准为：服务费0.30元，(装)卸费0.70元；当天进站换装包干1.00元，进仓待候进站或提取换装包干7.70元；仓保费每天1.00元，市区搬运费5.70元。每个集装箱的标准费率为：服务费0.30元，铲车费0.50元，(装)卸费0.20元，换装包干1.00元。
1985年6月，合肥联运公司执行省经委、物价局、交通厅联合颁布的《安徽省联运服务收费暂行规定》。代办铁路、公路、水路零担到达、发送，每100公斤收服务费0.30元(不足100公斤按100公斤计收)，仓储费每天0.50元，车船中转换装费0.40元；代办零担整车(批)每吨收服务费0.50元，仓储费1.00元，车船中转换装费0.60元。零担货物露天堆放不需藏盖，仓储费按50％收取；无计划、超计划货物每日每吨收费1.00元。铁路专用线包干使用费按车辆核定吨位，每吨收服务费0.40元。汽车运输(含社会车辆)货物组织配载按运费总额2％收取服务费，回程配载按运费总额3％收取服务费；代售联运客票每票收取0.20元服务费，联运变更每票收取1.00元变更服务费。