清光绪二十五年(1898)前，合肥水路只有载客10余人的木划子短途往返于内河沿岸各点。自光绪二十五年芜湖利济轮船公司的“小火轮”开通芜湖至合肥航线后，合肥才有了长途客运。此后，在长达50多年的时间里，合肥内河长途客运一直是私人经营，发展甚微。
1949年初，皖北巢湖永丰公司接收私营5艘小轮投入客运。1952年皖北内河轮船公司(皖江轮船运输公司前身)调入从部队退役的8艘机动大板船组成了国营客运船队，合肥私营客运被取缔。1965年，皖江轮船运输公司的“皖江号”钢质客轮投入客运。随着沿河地区客流量增加，原有的客轮已不够用。因此，有的水运企业就投入水泥挂桨机客轮从事短途客运。1985年后，国营、集体、个体(联户)纷纷经营水上客运，个体客运船增加，国营长途客运的航线航班较前减少。
航线航班
合芜航线合肥——施口——忠庙——巢县——运漕——裕溪口——芜湖。全程189公里，航程2天。清光绪二十五年开通，1950年停开。1954年大水淹没铁路期间航班恢复，不久铁路恢复又停航。
合三航线合肥——施口——新河——三河。全程6公里，航程1天。民国35年，小客轮“久安”号首开，“三友”、“明发”2艘小轮继开；3艘轮船均为隔日班。1949年皖北巢湖水丰公司“韩信”号等2艘客轮先后投入营运。1952年由皖北内河轮船公司的双机大板船接运，每日对开。1965年皖江轮船运输公司的钢质大客轮承运后，改为当日往返。1985年5月，因合——三公路客车增加班次，水路客流量减少，该航班停开。1990年改开合肥至新河。
合庐航线合肥——施口——忠庙——马尾河——缺口——庐江。全程121公里，1天航程。1960年开通，两头对开。1962年改开缺口。1986年8月因航班无客而停开。
合白航线合肥——施口——忠庙——白山。全程71公里，1天航程。1961年开通，两头对开。1987年在航。
合巢航线合肥——施口——忠庙——巢县。全程103公里，1天航程。1958年开通，1982年停开。
其他航线合肥港曾经开过的航线有：1950年合肥——南京，合肥——石头嘴；1962年合肥——金牛。虽运营时间不长，但缓解了当时客运紧张的局面。
1980年后，部分集体、个体客轮先后在合肥——施口从事短途客运，对沿河农村的商品经济发展和城乡物资交流起了一定作用。从1981年开始，每年春季2～5月份，皖江轮船运输公司还增开合肥——巢湖一日游航班，当日往返，受到欢迎。
客运量
1949年前，合肥水运日客流量最多时有300人次。1952年客运量约3800人次。1954年，南淝河得到治理疏浚，航班正常，加上国营客运票价合理，安全有保障、信誉高，客运量上升。此后，又新开一些航线，增开航次，客运量逐年增长，1958年达14.60万人次、492.45万人公里。
1959年，合肥市航运局成立，管辖范围扩大到巢县、庐江。年客运量31.64万人次、1167.18万人公里。1963年增开航班，增设停靠点，恢复山区运输。
1966年“文化大革命”开始，学生免费“大串连”，水运客流量猛增。1967年是合肥港客运历史上破纪录的一年，运客达62.15万人次，直到1970年年均客运量都在50万人次以上。因受免费“大串连”的影响，很多旅客都不买票乘船，使客运部门增运不增收。
1971年，客流量趋于正常。1972～1977年，客运量在20万人次上下。1978年大旱，断航4个月，客流量降至10.54万人次。后因铁路和公路客运量增加，水路客运量逐渐减少，连续7年客运量都在20万人次以下。
票价
1949年前，水上客运的票价依旅客多少而定，时涨时落，没固定标准。
1952年12月颁布的《安徽省航运运价管理施行细则》中规定：从1953年元月1日起，实行客运票价每人公里上水153元(旧人民币)，下水139元(旧人民币)。合肥辖区实行时不分上下水，一律为146元(旧人民币)。1954年10月水路运价作第一次调整，客运价略有提高。1962年11月水路运价调整：客运票价不分上下水，每人公里0.0145元(新人民币，下同)，另加3％的保险费。
1979年，经国营水路客运企业核算，客运成本每人公里为0.0227元，而实际票价每人公里0.015元，企业亏损严重。为解决这一矛盾，1980年4月，省计委，省财政厅、省交通厅联合通知：“客运船舶按客运收人征收5％航养费，由船舶单位纳入客运票价内”。8月，省交通厅按联合通知精神将票价定为：淮河干线每人公里0.016元，支流小河每人公里0.0235元。1982年11月，省物价委员会和省交通厅联合通知，水路客运票价长途干线每人公里0.015元，支流小河每人公里0.0225元，加上征收5％的航养费，票价略高于1980年。至1987年，合肥港客运票价未变。