1949年前，合肥的水运业务都由民间零散船只承担。1949年初，市航管部门取缔了旧有船行，合肥、三河、白山3个民船公会相继成立。1952年，三河木帆船联合社成立，有木帆船589只、5769吨位。1955年，合肥航办处将25吨级以上船只组成5个运输船队(108只船共4173.6吨位)，将25吨级以下的船只组成127个运输组(570只船共8139.4吨位)、12个经济组(183只船共1358.8吨位)、2个劳动互助组(22只船共241.9吨位)。参加这些新的劳动组合的船只，占巢湖西水域船只总数的95.7％。在1956年社会主义改造中，合肥航办处将所辖水域内的木帆船编成2个公私合营船队、11个运输合作社。1958年，将11个运输合作社合并为4个(合肥1个、三河2个、白山1个)高级运输合作社；将公私合营的第十五、十六两支船队，划归公私合营芜湖内河轮船公司统一领导。其后，这些企业逐步演变为水上运输社，向大吨位、拖带化方向发展。这时期，合肥航办处对水运物资实行计划配载制。60～70年代，因水运政策对国营企业有倾斜性照顾，使集体企业的发展受到了影响。80年代初，由于水运政策放开，新的钢质驳船投入营运，航运范围拓展，使集体企业的运力运量逐年提高，同时涌现出一批个体和联户挂桨机运输船户和货主自备运输船队。1985年，合肥水域专业水运企业、货主自备运输船队、个体(联户)运输户共拥有运输船舶601艘、19859吨位。到1987年增到849艘、33732吨位。
合肥市航运公司
位于铜陵路河下1号新货场。1953年，合肥辖区内成立了28个私营性质的水运互助组。互助组有20吨级以下的木帆船共2928吨位。
1956年元月，合肥航管部门指导船民带着30吨级以下的木帆船(251只、3100吨位)组成集体合作入股性质的木帆船初级运输合作一社、二社。当年，两社完成货运量15.6万吨，货运周转量566.6万吨公里，营运收入30.3万元，创利1.2万元。在收益分配上，实行拆账分成制。1958年，两社合并为木帆船高级运输社后，首次在芜湖江风造船厂订造了一艘50吨级、120马力的“卫星1号”木质拖轮，将部分25吨级以上的木帆船编成一列式，进行拖带运输。有社员说：“卫星1号咚咚响、减少篙撑和橹桨。”同年，运输社在合肥东门外五里庙南淝河左岸建立了船舶修理厂，承担木帆船维修保养。
1959年，市航运局按照国家“统一配载、统一调度、统一运价”的规定，在货源安排、船舶装卸方面，采取先国营后集体的做法，即把长途、大宗、好运利多的货物优先照顾给国营企业运载，促其发展；把内河、汊港的短途零散、难运、利微的货物交给运输社承运，制约其发展。在生产资料如木材、桐油等分配上，也是按先国营后集体的定例分配。运输社派遣王义安副社长率领40名青壮年职工和造船老职工王汉贤一道，前往祁门山区伐木造船。共建造50吨级木拖驳船10艘。1962年，木帆船高级运输社更名为市水上运输社，将80吨级以上的木帆船分期分批地改造为木拖驳船。同年，企业的收益分配形式由拆帐分成改为纯收益分配，即先扣成本后发工资，保证企业有盈无亏，再将职工工资由“死(固定)分活(不固定)值”工资改为运输社自定的一至十三级标准工资。1965年，运输社共拥有拖轮4艘380马力，木帆船131只2553吨位；年完成货运量19万吨，货物周转量1078吨公里；实现营运收入50.4万元，创利2万元。运输货物以砂、石、粮食、煤炭、农用肥为主。
1968年，运输社属市交通局领导，其运输业务、货源安排、船舶调度、船舶签证等仍接受市航管部门管理。是年，运输社从蚌埠船厂购买了1艘60吨级、160马力的木质拖轮，又自造了3艘60吨级木拖驳船。翌年在裕溪口渔轮厂建造1艘20吨级、120马力深水木质拖轮，1970年在江苏无锡红旗船厂订造1艘35吨级、160马力的木质拖轮，同时淘汰了10吨级左右、生产力低下的木帆船。
1971年，市水上运输社更名为市水上运输公司。时有固定资产95.6万元，拖轮5艘、660马力，木拖驳船106艘、2606吨位，木帆船2艘、24吨位；年营运收入64.29万元，创利2.6万元。翌年，改建木拖驳船100艘、2751吨位，使运输生产基本实现拖带化。除增辟合肥至金牛、丰乐河、杭埠河等航线外，还冲出巢湖水域，开辟了合肥至贵池及江苏各沿江港埠的黄砂运输。
1973年，公司采用省交通厅水泥拖驳船图纸，开始建造55吨级钢骨水泥拖驳船和25吨级水泥机动货船；同时将破旧的木拖驳船拖上岸，用钢丝网蒙在船体外表，再用水泥糊上，改建成“阴阳船”。1975年，公司船厂首次成功地自建了1艘51.5吨级、120马力的钢质拖轮投入运营。1977年公司对职工工资进行调整：最低23.58元，最多为59.33元。1978年建造了1幢3层计1170平方米的职工宿舍，使27户船员迁往新居。是年，公司拥有固定资产147万元，拖轮6艘、800马力，木质、水泥拖驳船113艘、3388吨位；完成货运量15.5万吨，货运周转量3347.5万吨公里，营收88万元，利润1.4万元。职工月均工资为48.22元。1981年，由于老职工退休多，熟练劳力减少，新手增加，部分木拖驳船年久失修需减载运输，加之巢湖闸关闭维修两个多月，沿江港口的货物停运等原因，使公司有史以来第一次出现亏损(7万元)。为此，公司召开第一届职工代表大会，决定实行联产联利经济承包责任制，将职工工资与公司经济效益直接挂勾，实行全浮动和半浮动工资制，工资利益按完成任务(运量、运输周转量、营收、利润)情况核算，从而调动了职工积极性。1982年，从江苏无锡红旗造船厂购买了10艘65吨级深舱钢质拖驳船投入营运，当年营收125万元，利润10.8万元，一举扭亏为盈，盈利首次突破10万元大关。
1985年，市水上运输公司更名为市航运公司，占地面积2100平方米，其中建筑面积1090平方米；拥有职工515名，其中管理人员60名，工程技术人员111名；拥有固定资产原值386万元，净值255万元；共有驳船76艘，(其中木驳船13艘，水泥驳船23艘，钢质驳船40艘，拖船9艘)计5387吨位。年完成货运量18.9万吨，货运周转量5688万吨公里，营收175万元，税金5.476万元，利润20.2万元。全员劳动生产率为3329.5元／人，人均月工资69.98元。各项经济指标均创历史最高水平。
1986年，省、市航运管理部门下放了部分业务权。市航运公司有了自行承办、组织业务的自主权后，先后开辟了合肥至淮河、到上海等航线，西线延伸至江西，东线延长至江、浙各沿江港口，横跨四省一市。1987年购买了125吨级、2000吨位的深舱钢驳船和1艘60吨级185马力的钢质拖轮。至此，公司将木质拖驳船全部淘汰。是年，公司有职工2507名，其中管理人员57名，工程技术人员136名；拥有固定资产原值441.5万元，净值249.3万元；拥有驳船67艘、6176吨位，拖轮10艘、1520马力；完成货运量15.9万吨，货运周转量7783万吨公里。全员劳动生产率476.4元，营收244.2万元，上缴税金78326.02元，创利8.9万元；人均月工资80.38元。
肥西县航运公司
1950年，三河联运站周围的双河、新仓、丰乐、神灵、汪湾、新圩、前河、太公、新
河、沙滩10个船民行政村的船民，带着616只、717个吨位的木帆船，参加了三河船民同业公会和海员工会。1953年，三河部分船主、船民在自愿互利的原则下，组织了3个互助组参加运输。1956年，船民们响应政府“组织起来”的号召，在3个互助组的基础上成立2个运输合作社。社址位于肥西三河镇西街丰乐河右岸。入社时，最大的船28吨位，最小的船2.5吨位，总计6357吨位，从业人员1416人。至年底，2个运输合作社被划成8个运输合作社。1958年，8个运输合作社合并为2个高级运输社，共有6200吨位的运力，主要在合肥市区运煤和焦炭到大兴集供炼铁，将前家河、忠庙、夏家段地区的黄砂输送到合肥供城市建设。全年货运量43.25万吨。社员整劳力月收入33元，因公负伤或因病医治另有保障。是年，该社建起了船舶维修厂，并很快投入生产。
1959年9月，三河2个高级运输合作社合并，成立肥西县水上运输人民公社，时有木帆船575只、6202个吨位，其中货轮3艘、80吨位75马力。1960年，公社将“上游1号”木质拖轮和“上游2号”钢骨水泥拖轮投入营运，还抽调职工前往祁门县山区伐木造船，从而淘汰了部分小型、无维修价值的木帆船。
1963年，肥西县水上运输人民公社更名为肥西县三河水上运输社，时有木帆船389艘、4614吨位，其中木质货驳5只、295吨位，木质货轮1艘、30吨位25马力，水泥拖船2艘、120马力。年货运量和货运周转量分别为16.9万吨和542.3万吨公里，营收43万元。1968年8月，肥西县三河水上运输社更名为肥西县水上运输社革命委员会，船只减少到338只船、3799吨位。1970～1974年，该社以支农为主，从事支流小河运输，运力未能充分发挥。
1975～1978年，运输社的运力有所增加，特别是1978年年完成货运量38万吨，货运周转量1407.2万吨公里，营收84.13万元。与1966年相比，分别增长121％、60％和60％。1979年11月10日，肥西县水上运输社更名为肥西县水运公司，辖船厂、综合厂、医疗站、3个生产大队和驻肥工作组。拥有木帆船212只、2460吨位，木驳船76只、2292吨位，水泥货轮1艘、20吨位，钢质内燃机拖轮2艘、200马力，木质内燃机拖轮3艘、415马力，水泥内燃机拖轮一艘、250马力，挂桨机船58只、690马力。
80年代水运政策放宽后，公司开辟了到江浙两省的新航线，收入增加。1985年公司更名为肥西县航运公司，下设人秘、计财、运调、机料、安全保卫5科，还有船厂、医疗站、驻上派工作组和驻肥装卸队；拥有木帆船60只、642吨位，钢质半甲板货驳(75吨级)31只、2325吨位，125吨级钢质半甲板货驳10只、1250吨位，木质货驳62只、2810吨位，钢质内燃机拖轮5艘、840马力，木质拖轮3艘、415马力，挂桨机船39只、468马力。年货运量21.05万吨，营收160.48万元。
合肥义城水运公司
1955年，施口水上乡政府组织李荣、塘西、周坎3个自然村的120名船民，连同25艘12～40吨级捕鱼木帆船成立新新渔业社，在巢湖内从事捕鱼生产。1958年，该社改名为塘西渔业大队，所捕之鱼由国家统购统销。1964年以后，由于巢湖水位节制闸建成关水，长江水产资源不易进入巢湖，加之巢湖四周捕鱼船只及其他渔猎活动增加，队员人不敷出，企业出现亏损。为维持企业生存，经肥西县政府批准，大队安排船民旺季捕鱼，淡季到大通、贵池一带装运黄砂至南京。时有船只28艘、970吨位，职工220人，年产值10万元左右。1971年，更名为“上派运输大队”，归三河水上运输公司领导，业务由航管部门统筹安排。同年12月，恢复塘西渔业大队名称。1972年，购买1艘80马力拖轮搞拖带运输，主要是从巢县东关装石灰至南通。1978年5月，随义城人民公社划归合肥郊区领导。
1982年4月1日，渔业大队将集体的29艘木帆船和3艘渔轮船，按人均吨位分配给220名职工，实行单船联户承包责任制。翌年，将木帆船全部安上挂桨机从事营运。
1983～1986年，大队采用分船到人单船联产作业方式经营，船只46艘、1700吨位，最大单船73吨级，最小单船28吨级以上。年营运产值60余万元，上交利税5.4万元。1986年，在渔业大队基础上，合肥义城水运公司成立，行政隶属义城镇领导，营运由航管部门安排。营运航线已突破巢湖至长江，上达九江、宜宾，下至南通。
合肥市油运公司船队
1984年2月，合肥灯泡厂成立集体所有制性质的合肥市油运公司，承运厂内生产用的重油燃料。
1985年3月，公司购置了1艘钢质拖轮和4艘钢质油驳，编成1支运油船队。船队除继续承运灯泡厂的重油燃料外，还承运合肥玻璃厂、红旗玻璃厂、日用化工厂等单位所需的重油。船队拖轮“油拖1号”长23.7米、宽4.6米、深2.1米，排水量55.3吨，可自载60吨；4艘油驳船，长21米、宽4.74米、深1.67米，均为60吨级。1986年12月又添置1艘440吨级钢质油驳，并将“油拖1号”改拖带为顶推(440吨级)。船只重载时速8公里，空载时速12公里。该船队主要从安庆向合肥运重油供几家工厂使用，同时也从安庆装油至黄石、武汉进行营业性运输，还从上海向合肥运十二基苯。年航行约20个航次，年运量1985年4500吨，1987年1.1万吨。
合肥红旗矿渣厂船队
合肥红旗矿渣厂位于南淝河岸畔，生产所用石料来自巢县散兵。1983年该厂组建了1支拖船队。拖船队有钢质拖轮(原作防汛用船)1艘，装有120马力CA6135柴油机1台，排水量为46.3吨；另有钢质拖驳船4艘、460吨位。这是合肥水域最早出现的1支由生产厂家建立的船队。船队常年运石料供本厂自用，年航行约60个航次，运量2.76万吨公里。从组建至1987年，其运力和运量没有多大变化。
附：个体(联户)运输户
自1956年“对私改造”完成后至70年代末，合肥水域几乎没有个体船户参加运输。
80年代初，水运政策放开。自1982年郊区大圩乡慈云村——农民率先自筹资金购买1艘16吨级水泥挂桨机船加入运输起，到1985年合肥辖区内个体(联户)挂桨机船已有257艘、5891吨位。这些船有的是钢质挂桨机船，多数是被国营、集体船队淘汰的木质(水泥)拖驳船(安上挂桨机)，其中最大的为50吨级。
1987年，合肥辖区内个体(联户)运输船舶达539艘、10104吨位，约占合肥辖区内船舶总运力33732吨位的28％。其中最大的1艘钢质挂桨机船装有3台S195柴油机、36马力。