1952年9月17日，合肥地区突降100余毫米暴雨，山洪暴发，南淝河水位猛涨，市郊灾情严重。为加强领导，统一指挥防汛，省、市两级机关当即抽调一批干部成立了市防汛抗旱指挥部。东、西两郊区成立了防汛抗旱指挥所。市指挥部下设救济处，分设4个灾民安置站，负责安置灾民工作。此后，每年汛期5～9月，市均成立防汛抗旱指挥部，设具体办事机构。1954年6月成立的合肥市防汛抗旱指挥部，指挥长称主任，由副市长王国昌兼任，副主任由市政府办公室、农委、工商、保险公司4单位负责人担任。领导成员由民政、公安、工业、商业、工会、团委、航运等单位及西市、车站两区负责人参加。指挥部办事机构设在市政府内，由市府办公室代理一些联络和文书处理工作。1955～1958年，除成立防汛指挥部具体负责指挥调度外，还成立一个由省、市、区(局)有关部门负责人参加的防汛委员会，负责制定防汛方针政策和有关重大决策。以后成立的防汛抗旱指挥部，指挥多由市委书记或市长兼任，副指挥及其领导成员，除市属有关委、办、局、司负责人担任外，还增补军分区司令员或副司令员参加。指挥部内部组织分工也渐趋正规，设有工程、器材、财务、劳力调配、保卫、交通运输等组。1963～1967年，市防汛抗旱指挥部设在农口水利部门。1980年后，为明确防汛抗旱职责，指挥部内分设城市、农村两组。城市组办公地点设在城乡建设委员会内；农村组办公地点设在市水利局内。
市指挥部和县(区)指挥所活动，是接受上级分配任务，组织、领导本市、县(区)防汛抗旱工作。每年汛前4月份，对管辖的水库、河道、堤防、涵闸、斗门、机电排灌站、渠道等水利工程设施，分级进行检查。发现问题，在汛前能加固除险的，力争在汛前完成；不能在汛前完成的，制定具体渡汛措施，责任到人，确保工程安全。