中国科技大学科研机构
1958年9月，中国科技大学在北京成立，属中国科学院领导。当时该校以“全院办校，所系结合”的办学方针，针对中国在开发利用原子能和空间技术方面的空白、技术薄弱的现状，设立了原子核物理和原子核工程、技术物理、化学物理、物理热工、无线电电子学、自动化、力学和力学工程、放射化学和辐射化学、地球化学和稀有元素、高分子化学和高分子物理、应用数学和计算数学、应用地球物理等13个系41个专业。60年代，增设了激光专业。1970年初，中国科技大学由北京迁至合肥，属中国科学院和安徽省双重领导。1978～1990年，陆续恢复和增设了计算机科学技术系、科技管理和科技情报系、经济管理和系统科学系等新兴技术学科与边缘学科，向科学与技术更加紧密结合的理工科大学模式发展。
该校在“全院办校，所系结合”方针指导下，教学与科研工作相互促进发展。1978～1990年，取得科研成果340项，其中达到国际水平的37项，达到国内先进水平或填补国内空白的200多项；获国家及省、部委重大科技成果奖250项，其中获全国科学大会奖15项，国家自然科学奖4项，国家发明奖3项，国家科技进步奖1项；申请国外专利(美国、日本专利)1项，申请国内专利23项。80年代末，该校已形成一批在国内有特色并能进行对等的国际学术交流的学科方向，有：基础数学、计算数学、概率统计与运算、应用数学、低温物理、非晶态物理、天体物理、同步辐射、化学物理、核探测与等离子体诊断、流体及固体力学、爆炸力学、毫米波技术、图像信息处理、数据保持与通信、地球物理与化学、生物物理、分子物理、辐射化学、高分子物理与化学、工程热物理、精密机械、管理科学、计算机体系结构、半导体器件与物理等。并与美、英、日、德、意等国建立了长期的科技合作和交流关系。
合肥工业大学科研机构
1956年夏，淮南煤矿工业专科学校迁至合肥市，改建为合肥矿业学院。1958年，设有2个研究所、16个研究室。同年9月，合肥矿业学院改名为合肥工业大学，属中央教育部和安徽省双重领导。1966年，合肥工业大学设有63个实验室、12个科研室、6个科研中心组及2个研究小组。1978年，安徽工学院从合肥工业大学分出。至80年代末，合肥工业大学设有微型计算机应用、机械设计、激光技术、工业自动化、精密测试技术、水利科学、摩擦学等7个研究所及一批研究室。
安徽工学院科研机构
学院建于1958年。1990年有汽车空调研究室；超音材料加工与应用研究室、铸造材料及工艺研究室；新能源研究室；农物料物性研究室；车用发动机研究室；计算机辅助设计、制造、控制、检测研究室；金属材料表面工程研究室；拖拉机现代设计法及实验研究室和情报研究室。
安徽建筑工业学院科研机构
1960年，在安徽建筑工程学校基础上，将合肥工业大学建筑系部分师生并入，组建了合肥工业大学建筑分校。1961年停办。1972年复办。80年代中期，在合肥工业大学建筑分校基础上恢复安徽建筑工业学院，学院设有土建设计室，对外承接设计任务。
安徽大学科研机构
1958年，安徽大学成立于合肥。80年代，安徽大学设有63个研究室、高分子材料研究所、应用化学研究所、应用电子研究所、数学物理研究室、光学研究室、磁学研究室。
安徽农学院科研机构
安徽农学院前身为安徽大学农学院，1954年，正式独立建院，院址设在蜀山路东段。1990年有73个实验室，有林产加工研究所和同位素应用研究所及激光应用等研究室。
安徽医科大学科研机构
1962年，东南医学院由怀远迁至合肥，改名为安徽医学院。1976年建立了中西医结合治疗烧伤研究室，1982年建立农村卫生管理研究室，1985年建立临床管理研究所。至80年代末，设有临床药理研究所和肿瘤、运动医学、计划生育、急腹症、烧伤、变态反应、农村卫生管理等研究所、室；在该校附属医院设有立体定向神经外科研究所、省心血管研究所等。
安徽中医学院科研机构
安徽中医学院创建于1959年，先后建有3个研究所。其中1979年9月成立的针灸经络研究所，前身是1975年成立的安徽医学院针麻经络研究室。该所建所10年来，先后在经穴特异性、经络现象、植物神经、针麻临床规律、磁生物效应等方面取得多项成果。1987年成立的神经病学研究所，主要从事神经病学的基础与临床研究，下设神经生化研究室与神经生理研究室。于1988年成立了安徽省计算机中医应用研究所，从事计算机中医应用研究任务。