肥西的基督教活动，原来主要在三河一带。1914年，美国传教士徐文藻到三河，买房设立“三河福音堂”，建立教会，时隶属南京“中华基督会总会”。徐在三河传教达四年之久，但信教者很少。1918年徐回国，宗教活动遂停止，“福音堂”出租开医院。七年后，芜湖人宋寿甫来三河，又恢复基督教活动。
宋寿甫原在芜湖一家教会医院学医，笃信基督教。1925年在三河开设一家“寿甫诊所”，一面行医，一面传教。由于信教的人逐渐增多，1928年报请南京总会同意，收回原“福音堂”，重建了三河教会，定名为“中华基督教会三河自立会”，成立了执事会，宋寿甫任主席，执事若干人，负责教会的一切活动。后宋因长期医、教兼顾，忙不过来。1932年春，教会决定从外地聘请传教人员。，此后5年间先后受聘来此传教的有：舒城萧益三、江苏杨心谦、上海杨再生等。1938年6月，日军侵占三河，难以正常活动，直到日军撤离，教会活动才恢复正常。1939年，教会聘请塾师詹佑汉担任传教工作。当时每次礼拜都有四、五百人。同年在三河南向施家湾(庐江县)设一分堂，有专人前去传教。1942年，宋违犯教规，被免去领导职务，由执事马白良担任堂务委员会主席。后四周农村信徒增多，1946年又在沙滩(刘河)、潭子口(舒城境)设立两个分堂。同年，三河教会与舒城境内教会等联合成立“皖中教区联合会”。此后，六安、霍山，安庆等处的教、牧人员参加了这个联合会，并在三河开了一次大会。因三河教会隶属南京中华基督总会，所以总会经常来人劝阻、干涉，终因意见分岐，三河教会退出联合会。
三河教会建立早，活动正常，深受南京总会重视，美国传教士常来三河视察。解放前曾先后来三河的有：美国牧师葛思巍(澳大利亚人，美国差会牧师，中华基督会评议部部员、金陵大学校董、金陵神学院董事)美国差会干事霍奇登，美国传教士李维乐(女)、赵理和、麦克伦(美国差会牧师，中华基督会总干事)等。南京总会总干事邵镜三，副总干事李卓吾，以及合肥基督教会牧师汪其天、总会计黄绍箕等也常来三河指导教会工作。
1949年，三河教会在三河西向的丰乐河设立了分堂。同年夏，南京总会派石宝琳(女)来三河协助传教。1950年，在总会的直接指导下成立了三河教区。1950年4月，马白良、石宝琳代表三河自立会出席南京中华基督会年会，马白良被选为中华基督会评议部部长，奋进布道委员会委员，奋进布道促进委员会主席。据1950年《中华基督会年会特刊》记载：三河自立会报告，“年来本堂教慕友甚有增添，礼拜时人满为患”，“本堂除已享安息82人外，现连分堂在内计有男教友87名，女教友339名，男慕友51名，女慕友285人”。除主日崇拜外(三河教堂平均450人，施家湾分堂50人，潭子口分堂20人，沙滩分堂50人，丰乐河120人)，每月还有一次圣餐礼拜等，每次连分堂约260人受餐。随教会发展需要，三河教会还培养了几名专业传教士。1949年秋，保送李学珊到滁县圣经学校学习3年，1950年送朱延英、方忠常到芜湖圣经学校学习3年，送汪赖思去南京金陵协和神学院学习1年。他们毕业后均在三河、丰乐等处任传教工作。时教会组织健全，人员分工明确，传道人詹佑汉、石宝琳，堂务委员会有主席马白良、书记汪赖思、会计张智春等13人。还有工识班教员4人，主日学教员7人，乡村布道员7人。
1950年全国开展自治、自养、自传的三自爱国办教活动。1951年3月，合肥牧师汪其天来三河主持召开一次革新大会，控诉帝国主义的宗教侵略。1952年至1955年信教人员又有增长，每次礼拜有1200人以上，当时专职传道人员多，另外还有义工，费用开支大，堂务委员会决定独立自主开辟财源，先后在三河办起了“三自”豆浆厂和“三自”药棉厂，解决经费自给问题。1956年，传教人员有的调走，有的病故，减少3人，豆浆厂和药棉厂也相继停办。堂务委员会进行了改组，由王恩文任主席，戴立华任副主席。此间三河教会逐步走向“三自”爱国的轨道，教会领导成员政治地位也发生变化，从1951年至1954年，石宝琳担任县各界人民代表会议常务委员会委员，王恩文、詹佑汉、方忠常也先后被选为县人民代表大会代表。1956年12月登记，计有教徒719人，其中三河438人，邻近三河的庐江一带103人，舒城178人。
1958年4月，王恩文、詹佑汉、方忠常参加全省基督教整风“反右”学习，方被错划“右派”开除出教，下放农村劳动，教会活动也不正常，礼拜人数不足200人，几处农村分堂先后停止活动。“文革”期间，传教人员受到冲击批斗，教堂也被拆毁。
1978年后，宗教政策逐步落实，被错误处理的教职人员得到了平反，通过协商调整，于1982年2月18日归还了教堂，3月21日恢复了正常的礼拜活动。1984年12月26日至27日，召开三河基督教第一次代表会议，出席会议代表37人，民主选举产生肥西县三河基督教三自爱国运动第一届委员会委员11人，王恩文为主任，方忠常、詹从英为副主任。王恩文还担任县政协一届委员、二届、三届、四届常委，市政协七届、八届委员，市基督教三自爱国会常委，省基督教三自爱国会常委，方忠常担任县政协二届、三届、四届委员。
这段时间，信徒增多，据不完全统计：1980年约1000人左右，1981年增加到4000多人，1984年7000多人。乡村聚会点，除恢复刘河、丰乐两个老点外，先后新增丙子、滨湖、苏小、董岗、新仓、北张、上派、严店、程店、中派、化岗、四合等处。各聚会点都建有“三自”爱国小组。