一、木帆船联合运输社
1951年7月3日由个体船民联合组织，1952年5月命名为“联运社”。联运社船舶归个人所有，实行联合经营，既能联合抗拒自然灾害，又能消除货源、码头的争端。企业内部实行民主管理的方式，民主产生监督委员会。监督委员会对社务、财务进行监督，同时对船民进行文化教育训练。业务经营接受航运管理站指导。联运社按照政府法令开办运输业务，实行“统一调配、统一货源、统一结算运费”的政策。管理部门只在民船结算运费中收取2%的手续费。联运社制定了12条营业章程，统一填制发运单、交船单，为防止运输过程中偷盗行为，实行“十船一联，一船有事，十船负责”的联保法；开办船民自治保险金（即船民储蓄积累金），作为货物运输过程中的理赔押金。联运社刚建时仅有船舶10艘，全部是木帆船，在当年防汛、抢险、救灾运输中又陆续从淮河流域、江浙一带调来252艘3300载重吨船舶加入联运社。联运社于1954年解散。
二、淮南市航运公司
市航运公司是省内较大的集体所有制水上运输企业，前身是50年代成立的船民互助组。1955年5月24日，淮南港政府按照船民自愿结合的原则，成立了6个互助组。每组民主选举产生组长和船民协会会长1～2人，由组长、协会会长出面安排运输生产，指挥航行，从运输收入中提取20%作为公积金和行政开支，船民自得80%，船舶产权归个人所有。1956年1月在互助组的基础上成立4个木帆船运输合作社,有1024艘木帆船入社，总吨位10399吨。私人船舶、工具等生产资料，以每吨不超过100元折款入股，股金计80.3万元。企业内部实行按股分红的收益分配方式。9月将4个合作社重新划分为11个水运合作社和1个排业社，共有船舶918艘9283载重吨。社下设若干生产队，实行社、队两级管理。
1958年5月，第九合作社率先转为木帆船高级运输合作社，仍然实行两级管理核算制度，当年11个水运合作社和1个排业社合并，成立红旗人民公社。公社人事管理、运输生产全部划归市航运办事处领导。公社机关设生产管理部、工业部、财务部、多种经济部、生活福利部、文教卫生部、供应部、办公室等，还有1个船舶修造厂。1959年以后，由于受高指标、瞎指挥、浮夸风影响，水运业盲目冒进，造成水运生产停滞不前。1963年11月全社共有船舶675艘9079载重吨，船舶完好率仅35.14%。60年代由于支流航道上到处建闸打坝,航道普遍年久失修，再加上在收益分配方面实行的是四六分成制，船上人员实行“七包”（包吃、包穿衣、包教育、包生育、包医疗、包婚嫁、包丧葬）,船民积极性受到挫伤。1974年2月，水上红旗人民公社改为市水运公司,行政上隶属市交通局,运输业务归口市航运管理局管理。
1982年公司内部进行经济体制改革，试行多层次的经济承包责任制，经济指标分解承包到拖队、船舶。船舶完好率提高，运输周转量上升，运输收入增加，一线职工工资收入明显增加。1984年11月20日水运公司改名为淮南市航运公司。公司废除了计划经济时期推行的“三统”政策（即统一调度、统一计划、统一结算运费），企业有了自主权，同时建立了工会组织和职代会制度，实行民主管理、民主监督，对船舶进行技术更新改造，公司迅速扭亏为盈。1990年底公司共有职工2022人，其中船员1032人；各类船舶343艘23231载重吨，所有船舶均实现了机械化操作；全年运输收入274.8万元，固定资产原值970.1万元。
三、淮南市第二航运公司
市第二航运公司是个体联户专业水运企业。70年代，下放农村的水运社船民先后返城，部分船民购买船只投入社会运输。1982年市公安局水上派出所为了安排闲散船民和船只，成立了水上运输组织，取名为市水上运输队，1984年更为现名,1985年移交给市交通局轮渡管理所归口管理。1990年底有船舶89艘5962载重吨。船舶财产属于个人所有。
四、淮南市第三航运公司
市第三航运公司的前身是成立于1957年的市渔业社，职工以捕捞鱼虾为生。70年代，渔民依靠捕捞鱼虾无法维持生计，纷纷自找生活门路。1973年渔业社建成淮河黄沙厂，一部分渔民购置吸沙机，以捞取淮河水下黄沙为业。因淮河捞沙受洪水汛期的影响，渔业社开始酝酿筹措资金成立航运公司参加水上长途运输。
1984年6月，渔业社采取国家贷款、集体集资、个人出资相结合的方式，经市政府批准成立市第三航运公司，隶属于农林局。渔民对捕鱼小船进行更新改造，逐步从小河支流运输扩展到长江流域长途运输。公司正式开业时共有船舶90艘3720载重吨1560马力（1161千瓦）。1985年累计运输量4.6万吨，营运收入92.9万元。1990年底船舶发展到130艘9728载重吨2257马力（1659千瓦）。
五、淮南市淮河轮船运输公司
市淮河轮船运输公司是兼营客、货运输的专业水运企业，与市轮渡管理所一个企业两块牌子。1962年市轮渡管理所成立，隶属市交通局，事业单位，定编7人。后从市红旗水上人民公社调入船员74人转为国营正式工人。1963年起经营田家庵渡口摆渡工作。1964年开辟田家庵至架河短途客班，每天对开4个航班。1966年增开田家庵至上窑航班，每天夜宿上窑，早发田家庵。1968年后，先后改建和新建5艘轮船，开辟新航班线路，改造了田家庵渡口，实行客（渡）运为主，兼营货运。1970～1978年间累计客渡运量970.84万人次。
1985年1月轮渡所投资62万元，从江苏邵伯第三造船厂购进每艘载重吨为100吨级钢质驳船7艘。8月份又购进180马力（132.5千瓦）钢质拖轮1艘，建立船队，成立淮河轮船运输公司，从客运转为以货运为主。公司与轮渡所合署办公，人、财、物三权属交通局直接领导。同年公司实行上不封顶、下不保底的工资分配方案，层层推行经理承包责任制，调动了职工的积极性，企业经济效益有了明显的提高。当年实现营业收入16万元，比上年增长290.9%，职工平均月收入增加30%。1990年底共有船舶11艘1000载重吨，职工53人。公司还有1个五金加工厂，属集体性质。
六、其它水运企业中共十一届三中全会后，水运行业实行开放搞活的政策，走多种经营的道路，航运管理部门积极扶植水上运输专业户，所有港口码头一律对外开放，个体经济得到了飞速发展。1985年全市个体运输船舶共有50艘7200载重吨。1985年后新成立的航运企业有谢家集航运公司、潘集航运公司、田家庵区淮滨街道船队、安徽造纸厂船队等，共有船舶79艘5136载重吨，新增加的社会运力解决了临时性的运输任务，缓解了运力紧张状况。