一、船舶调度
淮南解放初期，运输船舶抵港后由航管部门按照到港先后顺序安排航次任务。1952年省淮河轮船公司成立船舶调度室，在田家庵设淮南片调度室，并派驻专职船舶调度员负责船舶调度业务。1954年省交通厅颁布《船舶调度暂行办法》，使船舶调度工作有章可循。1955年4月，根据交通部内河总局指示，全面推行船舶运行作业计划，建立船舶在港行运图，对每艘船舶从装船至航行到达目的港口全过程计算周转时间，下达任务，以提高船舶周转率。田家庵港口开始推行船舶航行、装卸作业计划，根据运输生产情况定期召开调度会议、装卸作业安排会议和航行前预备会议。1960年田家庵港开展煤炭运输“一条龙”运输法，实行专船、专港、专门调度方法。1963年，省交通厅实施货运规定航线、返航周期和到港停靠时间，其中田家庵至阜阳拖队为6天，田家庵至宝应拖队为11天，凤台至上海拖队为24天。
1973年执行省交通厅《安徽省水路运输调度工作暂行办法》。全省分省、市、县三级调度，统一指挥船舶运行和装卸作业。1980年船舶调度实行统一指挥分级管理办法，蚌埠调度室为一级调度，淮南调度室为二级调度，下属港站为三级现场调度。淮南调度每周六下午4时半向蚌埠调度汇报拖队情况。淮南调度只能调单船挂机船，如需使用拖队要向蚌埠调度汇报并编制计划方可调船。
二、联运业务
1950年初华东联运公司成立，4月，淮南成立联运站，开始组织汽车、船舶、火车、架车等运输工具的联合衔接运输，以减少中间环节。田家庵港作为储运基地，联运站派人看货、押运，营运实行一票到底、送货到家。1953年联运公司撤销，成立市联运办公室。1968年初联运办公室改名为市联合运输指挥部，铁路、公路、航运、搬运等4部门派业务员联署办公，开展水路、公路、铁路联运业务，货源组织工作逐步扩大到下属各港站。淮南水路联运相继开通了淮南至上海、苏北、浙江、蚌埠、怀远、阜阳、、颍上、霍邱、三河尖等航线。田家庵、八公山列为煤炭出口基地，凤台、新城口、上窑为石料基地，田家庵和凤台县境内沿淮地区盛产黄沙，又作为黄沙基地。联运业务一直坚持到1990年联运办公室撤销。
三、水运商务管理
1949年3月田家庵成立轮船站，水运商务管理工作开始。1951年10月水路运输正式纳入计划运输，1955年11月8日省交通厅颁布内河运输商务工作任务、职权暂行条例，内河运输商务工作正式纳入法制轨道。淮南航办处运调股设有专人负责水运过程中的商务工作，开展经济调查，并实行对货物运输的管理。经水路运输的货物必须由专业水运部门承担，非专业水运部门不得私揽货源。同时按照交通部规定，对淮南地区的水运市场作了划分，流通过程中运输由专业水运部门承担；生产过程中的运输，允许本单位自有运输工具承担。1956年开始使用由长江航运局制定的商务票据。1961年，淮河运输管理部门在原有的基础上简化手续并印制了新的票据。1963年12月起，贯彻执行省交通厅颁布的运输商务监督试行办法，加强地方运输商务的监督管理，保证运输方针、政策的贯彻落实，取缔违章运输，维护运输秩序，实行计划运输，提高运输质量。1978年12月起，执行重新颁发的省地方交通运输商务监督办法，加强了对水运企业经营活动的监督，对在运输过程中出现的商务事故进行依法处理。