50年代社队企业一般都没有建立财务管理制度。60年代，农村在纠正“一平二调”、“共产风”错误过程中，经过整顿后的社队企业开始建立起简单的收支帐和粗放的财务管理制度。企业对务工社员按工作表现评记工分，到年终将劳动工分结算后转给务工社员的所在生产队，与务农社员统一进行分配。这种分配办法，多数企业一直沿用到70年代末期。1980年，全市乡村两级企业逐步实行统一的财务管理办法和会计制度。对帐务处理从简单的收付记帐法改为增减记帐法。1982年春，社队企业管理局首次对1981年度全市社办企业财务会计决算报表进行了汇编。1981年，社办企业销售收入2206万元，上交国家税金60万元，实现利润186万元，销售利润率为11.9%。拥有固定资产1471万元，百元固定资产创利13元；定额流动资产年平均占用453万元，百元销售收入占流动资产23元，百元流动资产创利37元。在分配使用的179万元利润中，用于扩大再生产占55%。1984年后，随着乡镇企业的全面发展联户和个体办企业兴起，乡镇企业的资金来源和经营管理比过去更加复杂，直接或间接地涉及到财务管理和会计核算的内容和方法。因此，乡镇企业的乡村两级企业，从1987年起执行农业部、财政部经过改革、完善后的新的《乡镇企业财务制度》和《乡镇企业会计制度》。
乡镇企业的经济核算，开始只是进行简单的业务核算，后发展到会计核算、统计核算以及经济分析等。1978年前，全市社队企业不大讲求成本核算，一般采取全部收入减除全部支出而倒挤成本。中共十一届三中全会后，随着商品经济的发展，市场竞争日益激烈，社队企业提高经营管理水平和经济效益的自觉性不断增强，对产品成本核算的认识也在不断提高。但是，由于主客观因素的制约，普遍存在着成本开支范围界限不清，不提或少提折旧，库存实物与帐面不符，费用划分不清，科目设置混乱等问题，导致产品成本核算不准确。1986年，全市乡镇企业的生产经营成本核算才实行统一的列支标准，产品成本核算上一个台阶。
1986年前，全市乡村两级企业的资金严格划分为“固定资金”和“流动资金”。1986年后，乡镇企业的资金管理不再按形成资产的实体划分为固定资金和流动资金，而是按投入的方式分为投资集资管理与借款集资管理。对以投资形式进入企业的资金，作为企业自有资金，与企业财务成果挂钩，年终分红或分担亏损；对以借款形式进入企业的资金，与企业财务成果不挂钩，定期支付利息，不承担风险。根据乡镇企业资金的结构状态，从占用时间的长短，划分为“固定及长期资产”和“流动资产”两大类。固定资产指厂房、机械设备等，提取的折旧费，不设专项基金，留成在企业，可作为生产经营资金使用，增加生产，扩大经营，获取经济效益。1990年，全市乡村两级企业拥有固定资产净值18433万元。流动资产指材料资金、生产资金、成品资金、结算资金和分配资金等。1990年，全市乡村两级企业拥有自有流动资金5203万元。企业每年从生产经营费用中或利润分配中提取的各种基金，分别管理，分别核算，最大限度地发挥专项基金的作用。1990年，全市乡村两级企业发展基金1285万元，折旧基金5344万元，福利奖励基金249万元，教育基金127万元。
1978～1980年，对社队企业实行低税或免税政策。其主要内容除高税率产品外，社队企业开办初期纳税确有困难的，免工商税和所得税2～3年；社队企业工商税的起点提高到3000元，起点以下免征，起点以上仍按20%的比例税率征收；社队企业办的小铁矿、小煤窑、小电站、小水泥厂的销售收入和利润，到1980年免征工商税和所得税。期间，国家对社队企业实行低税、免税政策，贯彻了涵养税源的方针，对于扶持社队企业的发展，促进农业增产，壮大集体经济，改善农民生活起了积极的作用。1978～1980年，全市社队企业上交国家税金206万元，总收入完成9388万元，实现利润1532万元，固定资产增加990万元。1980年后，由于国民经济进一步调整，国家连续三年对社队企业的税收政策进行了调整；同时加上社队企业担负“支农补农”任务和大量应由国家财政支出的农村社会性负担，使社队企业普遍感到税率陡升、税负过重，难以适应。1981～1983年，全市社队企业产值平均每年增长速度较前三年下降24.4%，固定资产平均每年增长率较前三年下降14%，产值利润率平均比前三年下降3%。1984年，中共淮南市委、淮南市人民政府根据中共中央4号文件精神，作出《加快乡镇企业发展若干问题规定》，制定了乡镇一系列的减免税收补充规定和办法。由于生产的发展和税负的调整，乡镇企业上交国家税金大幅度增加，且大大超过生产发展和经济效益提高的速度。当年，全市乡镇企业上交国家税金1025万元，比1980年增长14.7倍，而总产值增长6.6倍，利润增长5.6倍。第七个五年计划期间，全市乡镇企业上交国家税金平均每年增长33.6%，到1990年，全市乡镇企业上交国家税金为2763万元。