1949年1月淮南解放，2月成立淮南煤矿特别行政区人民政府，下设财政科，主要是筹集粮草支援前线。
1950年9月21日成立了淮南市人民政府，设财政科。1955年3月，财政科升格为财政局。1958年10月，市税务局、市建设银行并入市财政局。1960年7月，税务局和建设银行的业务从财政局划出。
1966～1968年底，局领导班子“靠边站”，由局两种不同观点的群众组织各自推选代表组建“大联合”、“三结合”领导小组，维持日常工作。
1969年1月，财政局、税务局、人民银行淮南支行、建设银行淮南支行、房产管理所和市民政局等单位撤销，组建市财政金融站（简称财金站），隶属市革命委员会生产指挥部。年底人民银行淮南支行和建设银行淮南支行业务从财金站划出。
1970年10月，淮南市和淮南矿务局政企合并，恢复市财政局机构。1972年8月，市、矿分开，煤矿财务划出。1973年5月，税务、房产业务划出，财政局作为独立的主管局行使财政管理职能至今。