蚌埠解放前，没有专门的工商行政管理机构。民国2年（1913年）后，陆续成立的商会和各个同行公会，能协助官方进行一些管理工作。民国3年，皖北盐务局和盐务稽查局设于蚌埠，除垄断食盐交易外，也对盐业经营进行管理。民国16年，蚌埠同业公会多达48个。沦陷后期，日伪出于物资垄断的需要，曾分别设有米粮统制委员会、杂谷协同委员会、麦粉会蚌埠办事处、商业统制委员会等管制性机构。抗日战争胜利后，除商会、同业公会外，市警察局及市政府的社会科也承担一部分工商行政管理事宜。
民国38年初蚌埠解放，1月25日市军事管制委员会工商部的工商管理组开始承担工商管理职能，同时下设西区和小蚌埠区工商管理分局，有职工70多人。5月，正式成立市人民政府工商局，除设工业科、商业科管理工业、商业建设外，还设市场管理科，承担工商行政管理事宜。1950年，工商局还先后设立盐粮管理所、物资介绍所、盐粮交易所、牲畜交易所等机构，分别承担单项交易的管理工作。
1951年8月，市工商局撤销，分设工业局、商业局，工商行政管理业务划属商业局（后一度改称商业科）承担。1954年1月，工业局、商业局合并，仍称市工商局。12月，市工商局再行分设，工商行政管理由商业局的商政科承担。
1962年1月，为适应市场管理的需要，始单独成立市工商行政管理局，与当时的市场管理委员会合署办公。1965年，市工商行政管理局共有职工76人，内设人秘科、工商科、市场管理科，辖东、中、西、郊4个市场管理分会。
1966年下半年起，因“文化大革命”工商行政管理机构不能履行职能。至1969年4月，市工商、税务、财政3个局共同组成市财经革委会。同年12月，财经革委会中原工商行政管理业务划出，另成立市革委会打击投机倒把领导小组办公室。至1970年8月，恢复市工商行政管理局。1971年2月，成立东、中、西、郊区工商行政管理办公室。
1980年9月取消革委会建制，市工商行政管理局属市人民政府领导。1985年，全局职工186人，内设办公室、政工科、市场管理科、经济合同科、个体经济科、企业登记科、案件审理科、商标广告科、市场服务部等机构，辖东、中、西、郊4个工商行政管理分局及其15个工商管理所。