亳州市是以农业为主的农业市，80年代以前环境问题尚不突出。其后随着工农业生产的发展，污染日趋严重，环境质量不断下降。1981年8月，成立环境保护局和监测站，负责全市的环境保护工作。
（一）废水治理
据环保部门测定，亳州市废水排放量，1983年686.5万吨，1984年438万吨，1985年421万吨，1986年577.27万吨。70年代前，涡河四季河水清澈，水质甘甜，鱼虾成群，两岸群众多取之饮用。70年代后两岸工业发展，水污染日益严重。至80年代中期，每年要接纳上游河南省10多个县、市30多万吨工业及生活废水，污染更加严重。据阜阳地区环境监测站1986年监测，其水质恶化程度已经远远超过地面水三级标准。河水常年有异味，呈棕褐色，近年已无法进行正常的渔业生产。市酒精厂自1985年投产以来，其糟液全部排入宋塘河、涡河，致使宋塘河臭气扑鼻，污染河段鱼类几近绝迹。化肥厂亦每年排放废水210.9万吨，直接污染涡河。
为治理污染，1982年上半年，对城区污染‘清况进行调查，下半年开始对超标排放污染物的单位征收排污费。1985年夏，酒精厂排放废水污染宋塘河，县委、县政府拨款5.1万元赔偿养鱼户损失，并于第二年4月向酒精厂发出了限期治理污染的通知，要求其1987年12月底以前完成废水治理的任务。是年，丝绒厂投资10万元，采用脱色菌群法治理废水，化肥厂投资200万元，采用脱硫氧化再生法治理废水。由于对废水采取限制排放和治理措施，1983～1986年4年增减值为—11.23万吨，工业产值排放量每万元减少73.78吨。
（二）废气治理
据1986年调查，全市共有大气污染点（烟囱在20米以上）7个，大气污染源（烟囱在20米以下）23个。是年全市废气排放量约14亿标立方米，其中二氧化硫约1400吨，烟尘约3300吨。主要污染源为锅炉、工业炉窑及工业、生活用烟囱。为减少废气污染，酒精厂等14个单位的锅炉加装了消烟除尘设备，计20台／52蒸吨。全市共改造锅炉28台／84.93蒸吨，工业炉窑3台，消烟除尘量约达2亿标立方米，除尘率效达60～85％。
（三）固体废弃物的处理
固体废弃物主要为工业废渣、炉渣和垃圾。对于垃圾的清理，农村以户为单位，清理后作积肥处理。城市垃圾原由以积肥为业者到各户清理，然后处理给就近农民作积肥之用。80年代后，随着城区人口迅速增加，垃圾量亦随之猛增，原来的处理办法已经很不适应。1983年，城建局在和平东路、白布大街、新华路等处设水泥制垃圾箱和铁制果壳箱。1986年底，又添置大容量铁质三轮垃圾筒240只，放置和平西路、谯陵路、新华路、人民路等主要街道两旁。同年购进解放牌411型4吨自卸翻斗垃圾汽车1辆和与之配套的垃圾斗12个，北京130型2.5吨自装自卸垃圾汽车1辆，东风142型4吨自装自卸垃圾汽车1辆。又配备运垃圾架车36辆，雇用清洁工117人，对垃圾定时清扫。1986年开始，又在和平路、新华路、谯陵路、人民路的55个交叉口道路两侧的125个单位896户居民中实行了卫生工作门前“三包”（包卫生、包绿化、包秩序），卫生管理面积约37万平方米。对工业废渣的处理，除小部分综合利用外，多用以填坑和铺路。
1986年，全城区共处理固体废弃物总量约7.0247万吨，其中工业废渣约3.3万吨，垃圾约3.7万吨。