（一）天主教
鸦片战争后，清政府准许外国天主教在国内传播。光绪五年（1879），英国传教士翟功昭来亳传教，鉴于城内人民的反抗情绪，遂在涩河口建天主堂。因教士包庇萎民，居然干涉亳州行政，引起与地方官府的纠纷。光绪二十六年（1901）以后，法籍总驿驻亳州传教，在城里州东街建天主教堂。德国人费彤神父相继来亳传教，修女有崔振岭、陈献云2人。当时天主教的经典有《六瑞经》、《致魂经》、《早晚课》、《周主日祷文》等，是教徒必修的课程。只有读完必修课，才准予受洗入教，成为真正的教徒。当地天主教隶属于蚌埠教区。下设4个分堂：青杨树支堂（在古城北），有教徒600多人；油河支堂，有教徒300多人；支寨支堂，有教徒500多人；徐庙支堂，有教徒400多人。淝河集也有教堂。建国后，神父费彤回国，两个修女也回原籍，教堂改为民房，停止了活动。
（二）基督教
清光绪二十三年（1897），美国基督教传教士白某来亳州传教，并在涡北建立了教堂。白回国后，宣统二年（1910），美国人包治丕自山东来亳，接替白在亳州的传教事务。当时入教者不多，包治丕勾结官府，拉拢豪绅，扩大教堂，并雇用中国人布道。民国4年，涡北教堂正式建立，扩大传教活动。民国13年，包治丕的弟弟包万德、妹妹包爱德亦来亳，协助他传教。他们逐户布道，教徒发展到2000多人。民国18年，正式成立教会。民国29年，成立北关教会。
民国时期，基督教总会堂设在涡北董家街北（现在亳州市第一中学），牧师为美籍人邵士德。下设两分堂：一在王巷口，牧师张效曾；一在北关洪济桥，牧师张学礼。分堂下设支堂。民国24年，设十八里支堂，有教徒36人；同年又设辛集支堂，有教徒120人。民国28年，设十河郭庄支堂，有教徒22人；同年又设赵桥支堂，有教徒21人。民国29年，设城北张集支堂，有教徒170人；同年又设双沟支堂，有教徒28人。民国30年，设芦庙支堂，有教徒140人；同年又设余集支堂，有教徒19人，又在十九里集设一布道所，有教徒126人。安溜支堂原属鹿邑县，同年转属亳县。民国31年，设魏岗芮庄支堂，有教徒18人；同年又设高楼支堂，有教徒27人。张集、芦庙、辛集支堂隶属涡北教堂；魏岗、余集、高楼支堂隶属洪济桥分堂；赵桥、十河、十八里、双沟各支堂隶属城里王巷口分堂。
基督教在当地也兴办了一些福利事业。宣统二年（1910），涡北教堂办福音小学1所；洪济桥教堂、王巷口教堂，也各办小学1所。民国10年，美籍传教士柏瑞德办妇婴院1所。民国21年，柏瑞德在城里教会办女子小学1所。民国27年，日军陷亳后，牧师邵士德和张子和等，办一难民所，可容难民2000多人。同年，在难民中有些知识分子教徒，开办怀恩中学1所，怀恩、崇实、怀德福音小学3所。民国31年，涡北教会开办圣经学校1所。
建国后，当地基督教开展了以自治、自传、自养、爱国、爱教为主要内容的“三自”革新运动，恢复了正常活动。1957年，成立“三自爱国委员会”，有委员9人。县城成立基督教“浸信会”，由牧师张效曾、张开礼、梁贯道、陶言信4人负责。原城里、北关分堂改为总堂。北关总堂下设高楼、黄庄、余集3个分堂；涡北总堂下设张集、芦庙、张店、辛集4个分堂；城里总堂下设双沟、十八里、赵桥、郭庄、十河、安溜6个分堂。后城关教堂被学校占用（涡北教堂被一中占用，北关教堂被烈小占用，城里教堂被第一回民小学占用）。“文化大革命”期间，全部停止活动。1982年，恢复了“三自爱国委员会”，基督教在亳县恢复了正常活动。1985年12月25日，涡北基督教堂庆祝“圣诞节”，城乡参加者达4000人以上。这年，经省民委宗教事务处批准，设双沟、张集、减店、赵桥4个宗教活动点。