一机构
（一）移民委员会1951年12月，治淮委员会会同县政府测量佛子岭水库蓄水区淹没线，调查淹没田亩、农作物和房屋等数字。1953年春，佛子岭水库区开始进行移民工作。11月20日，成立“霍山县佛子岭水库移民委员会”，抽调20名干部和16名积极分子，宣传移民政策，开展移民登记和安置区的调查，确定安置地区和移民生产园地，制定生产和赔偿计划，组织发动安置区群众协助迁移工作，并做好迁移后的移民善后工作。磨子潭水库移民委员会1956年7月成立，在专署领导下工作。在淹没区的乡、社设移民赔偿评议委员会，宣传移民方针，办理各项移民安置事宜。
（二）库区管理委员会1981年1月，成立“霍山县佛子岭库区管理委员会”和“霍山县磨子潭库区管理委员会”，下设办事处。分别负责所辖库区的治理工作，并管理国营渔场。在两库设水上派出所，负责两库的渔政管理。1982年4月，根据省委、省政府《关于大力发展渔业的决定》和地委（1981）6号文件规定，两库国营渔场改为隶属两库管委会的联合养殖公司，实行“国社联营，推动经济联合”的方针，按国家、渔场、区、乡、村和群众投股分红方式（乡、村、群众占50％、渔场占30％、县、区、水电站、三线厂等单位占20％）分配。1984年9月，撤销两库联合养殖公司，恢复隶属两库库管会的国营渔场，水产局负责业务指导，同时在库区各乡招聘专职副乡长，负责各乡的库区治理和所在地段的水库渔政管理。
（三）库区生产开发委员会为适应库区综合治理的需要，1986年1月，成立“霍山县库区生产开发委员会”，下设两库区办事处，同时撤销两库区管理委员会。佛子岭、磨子潭、响洪甸3库区范围内的9个乡（镇）28个行政村配专职管理员。12月，撤销两库区办事处。
二移民安置和移民返迁
（一）移民安置佛子岭水库区移民安置安置工作开始时，逢全国大办互助组和农业生产合作社的高潮。1954年初，根据中共安徽省委书记曾希圣的指示，移民委员会制定了“发动群众组织互助合作，就近迁移安置，扩大山区生产，解决长远生活”的移民方针，到1956年底，99％的移民搬迁到新地，移民工作基本结束。由于一部分移民只动动地方，搬搬房子，出现了水库周围人口拥挤，生产园地少，移民生活困难。1957年初，移民委员会组织人员进行调查，把安置过密的456户2236名移民，在本乡、社范围内重新安置，发给适当的生活补助费，1958年春结束。磨子潭水库移民安置1956年7月，移民委员会按照“统一规划，集体迁移，分散安置”的移民方针，开始进行赔偿评议和在安置区建造新房工作。1957年初，移民搬迁工作全面展开，按移民劳力强弱编成队组，分别搬迁到安置区，7月，80％的移民搬迁到新地。1958年4月，移民安置工作基本结束。响洪甸水库区移民安置响洪甸水库在本县境内淹没区移民有35户163人就近安置在石家河乡，8户41人外迁寿县（后陆续返回）。从金寨县迁入本县投亲靠友的移民有438户2488人，安置在诸佛庵、桃源河、黑石渡等地。
（二）移民返迁迁往外县和本县大山区的移民，因眷恋故土和对当地生产、生活不习惯或安置不落实，要求返回原地。根据1959年4月专署召开的移民工作会议精神，移民愿留外县的，继续给予照顾和妥善解决困难；愿迁他县的，自找接收社队，政府发给路费、证明；愿返迁的，予以接收，安排生产。1959——1960年，外迁岳西县移民返迁124户610人，外迁寿县移民返迁8户41人；金寨县淹没区迁往寿县的移民163户921人，投靠亲友转迁本县。
三补偿
根据1953年12月5日政务院公布的《国家建设征用土地办法》有关规定，对淹没的土地，补助7年产量的总值，房屋和其它附属物，经过评议按原质原量付给赔偿费。根据1957年9月6日省委地字1791号文件规定，佛子岭水库移民人均补偿364.07元。根据1956年12月省委地字2565号文件规定，磨子潭水库移民人均补偿399.07元。移民经费，由省政府拨给专署，由专署掌握监督使用，不得浪费。根据1957年1月9日省委地字2658号文件规定，响洪甸水库移民人均补偿470.08元，由专署拨给本县。佛、磨两库移民补偿经费标准，仅达到响洪甸水库的80——85％。到1985年，省委、省政府批准，拨付给三库的经费共7107569.08元，省实际拨付专署5766730.07元，专署实际拨付本县5584177.31元，省、地共欠拨本县移民经费1523391.77元。移民搬迁安置补助，对五保户的鳏寡孤独户，5年为限一次性补助250元，半保户补助一半，全部补助费一次性拨给公社掌握；对投靠亲友的鳏寡孤独户，付给420元或520元生活补助。搬迁到岳西、寿县的移民经费分两次拨付，由接收安置县统一掌握使用。