审计机关在实施审计监督过程中，对严重违反财经法纪的单位和责任人，开展专项审计或审计调查，除审计法规规定的审计事项外，审计机关还对其它法律、行政法规规定应当由审计机关进行审计的事项，向有关地方、部门、单位进行专项审计或调查，并向本级人民政府和上一级审计机关报告审计调查结果，对审计事项作出审计意见书；对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内作出审计决定和向有关主管机关提出处理、处罚意见。1984年末至1985年初，根据省审计局的统一部署，在全区范围内，各级审计机关对滥发服装、奖金、实物等情况进行了全面审计调查，及时提出处理意见，对抑制消费基金过快增长，促进廉政建设发挥了积极作用。1986年，地、县(市)审计机关在全区范围内对教育经费进行审计，参审人员124人次，累计工作日2860天，共审计117个单位，查出截留、侵占、挪用、浪费等违纪金额385万元。审计后，提出处理建议，由各县及时予以处理解决。1991年夏，滁县地区遭受特大洪涝灾害，国内、国外各界朋友提供了大量经济援助。为保证这些赈灾钱物准确、及时地发放到灾民手中，全区各级审计机关全力以赴地开展了对救灾款、物的接收、分配情况的审计，共抽调22人与有关部门组成联合调查组，深入到乡村，走访灾民户，认真清理原始凭证和帐目，使救灾款、物及时准确地发放到灾民手中。
截至1992年底，全区各级审计机构共审计4398个单位，查出违纪金额24651万元，应上缴财政2690万元，已上缴财政193.5万元；应追回侵占挪用专项资金429万元；查出损失浪费金额499万元，贪污贿赂案6件，移送司法机关审理6件。