全区水利管理单位，除淮河修防局、汊河闸管理所有事业费，其余均没有事业费，管理人员工资等多由基建经费中的间接费(或施工管理费)列支。由于管理人员逐渐增加，基建工程完成后又没有留下管理经费，农水经费很少，因此收取水费、开展多种经营，就被列入管理工作的主要任务。80年代前后，由于水费标准过低，开展多种经营已作为改善单位经济状况的重要手段。
一、灌（排）区供（排）水管理
灌区供水大体上有4种形式；管理比较好的干渠分段设管理所或管理段，灌溉季节聘用放水员，如黄栗树、屯仓、马厂等水库和二峰电灌站等，渠道上采取管理所、段之间流量包段、支渠口计量放水，计量收费，干渠进行续灌、支渠进行轮灌，灌溉比较及时，效益较好。其次的是干渠设有管理所，或虽无管理所，放水时库站派人到干渠分水或协助乡、村分水，如沙河集、凤阳山、官沟、分水岭水库和炉桥电力排灌站等，但只分水到乡或村，乡、村以下由乡村自管，分水到支渠口。因库站不聘用放水员，乡村要组织民工上渠道管水、看水，群众要负担参与管理、看水时生活管理等费用。第三种是灌区基本没有管水人员，库站放(抽)水后由乡、村组织人员进行看管，有时干渠也要以乡、村为单位进行轮灌。村、队凑齐水费后就抽水，无钱交纳水费的就不抽水。这种形式机电设备及渠道利用率低，消耗渗漏的水多，渠道下游离库站远的村队，用水管理都比较困难，灌溉效益不能很好发挥。第四种形式是承包供水按亩收费，一般称为吃大锅水的办法。部分大灌区的渠首乡、村，如炉桥电灌站渠首部分乡、村，由于难于计量收费，偷水现象严重，就不计供水多少，都按亩收固定的水费。四种形式中第一、二种体现管理水平较高，灌溉效益也能充分发挥，农业上也能稳产高产；第三、四种形式管理水平低下，效益往往不能充分发挥。
滁县地区内由于水资源不足，需引长江、淮河、高邮湖等水源进行补给。在水库、机电灌站的规划和兴建中，水库自流与灌溉站的提水多数能用同一渠道。1984年屯仓等水库前期尽量放水播种水稻，当年又适逢秋旱，水库水已基本放空，连水库附近的灌区也缺水灌溉，全灌区受灾减产。1984年来安县水利局研究屯仓水库与水口翻水站联合灌溉变动供水调度方法，库水多时，向全灌区供水，到库水位下降到某一水位时，水库压缩供水，部分灌区由引江站抽水灌溉，水费标准全灌区不分自流与抽水，都是一个标准。这样既避免了群众间因用自流与抽水水费标准的差异高低争用自流水的矛盾，也提高了用水保证率，黄栗树、城西等水库都制定了类似办法。
排涝区的排水管理有三种形式，一种是承包排水，按圩口制定排涝起始水位，由排涝站开机抽水，计开机时间、水量，一年结算一次。如天长县的护桥排涝站承包上泊湖排水就采取这种形式。一种是按多年平均排水量协商进行排涝承包，一定三至五年，由排涝站掌握，到一定水位时开机排水。水费按承包额交纳给排涝站，排涝站则采取旱、涝年有盈有亏内部调节的办法自行调节收支。如遇电价调整则相应调整。来安县的广大圩广大排涝站就曾采用这种形式。第一种是需要排涝时由受益乡、村，交纳水费开机，按开机小时或千吨米计量交纳水费。这种办法往往因凑齐水费或贷款不及时延误排涝时间。
水费标准；1965年10月由国务院批转水利电力部制定的水利工程水费征收使用和管理试行办法。明确规定，水费标准应按自给自足适当积累的原则，并参照受益群众的经济力量确定。安徽省人民委员会于1965年12月印发《安徽省农田灌排水费征收使用和管理试行办法》的通知，本区按通知的标准执行。由于物价上涨，管理人员工资的增加，及电价调整，至70年代后期，水利管理单位已难以维持。1970年定远县炉桥电灌站所收水费留下人员工资后，不够交纳电费，累计欠淮南供电部门电费达290余万元。县人民政府每年要从地方财政拿出经费付电费。为此，定远县率先进行水费改革，较大幅度地提高基本水费标准由县水利局统收；计量水费也适当提高。水费标准改革后，炉桥电灌站有10年时间未欠供电部门电费。全椒县也于1980年对水费标准作了小幅度的调整。1980年全区各县相继调整了水费标准以后又进行了多次水费标准调整。由于物价、管理人员工资等增长而水费标准过低的矛盾日益突出，1990年12月省政府以19号令颁发《安徽省水利工程水费收交、使用和管理办法》，水费以稻谷的实物按市场价格折价计收，基本水费每亩4公斤稻谷，计量水费按渠首引进水量每100立方米3公斤稻谷；电力排灌实行水电费分开计收，水费按每千吨米1.2公斤稻谷。1992年稻谷按每公斤0.44元折算。
全区水费收取大体上有以下几种情况：工程配套齐全，效益发挥比较好的，管理工作又跟得上的如屯仓、黄栗树、官沟水库，二峰电灌站，收取水费按支渠口计量收费，群众积极交纳水费。官沟水库、二峰电灌站一度实行先交水费开票后放水。有些水库、电灌站因基建或灌区配套拖的时间长，工程没有全部发挥效益，又未建立严格制度，如凤阳县的燃灯寺，嘉山的林东等水库，70年代前后收取水费困难，或名义上按亩交纳水费，但长期拖欠甚至收不到水费。有的地方因农村经济状况不好，收取水费比较困难。农村实行家庭联产承包责任制以后，农村经济一度好转，农民负担减轻，收取水费比较容易。80年代中期农民交纳水费仍然比较积极，但乡村挪用水费的比较多。水费收取调查中只有约二分之一到供水的库站，其余二分之一被用作乡、村管水费或挪作他用。
水费调查和测算。水费调查和测算工作曾进行过多次。1981年4月，由地区水利局会同全椒县水利局在黄栗树水库进行水费调查；1985年4月，地区水利局组织力量再次对黄栗树水库进行调查和测算，黄栗树、沙河集、城西水库和定远的炉桥电灌站被省厅指定为测算重点单位；1990年10月，根据省水利厅布置和要求，再次对全区水费等情况进行了调查和测算。通过一系列调查和测算，初步搞清了国有大中型水库、机电灌站的国家投资、民工投劳折资形成的固定资产，保持工程完好需要的大修、维修费用、灌溉效益，影响灌溉效益发挥的原因，供水的成本等情况，并通过调查，分析了水费在水稻生产成本中与种子、农药、化肥、人工等所占费用的比例。城西水库还对城镇供水和工业用水当时执行的水费标准在生产成本中的比例作了测算。调查中总的说明，水利部门由于水价未按成本收费，其利润和效益被转移到用水部门，而水利部门则出现大量的亏损，连低水平的自给自足也达不到。
二、水利渔业
水库养鱼是水利部门除了水费收入以外的一项主要经济来源。1979年以前，水库养鱼的权益不很明确，部分水库是水利部门经营，部分是水产部门经营，也有的属于乡、村经营或无人经营。1979年，把水库渔业作为水利部门综合利用和开发的主要项目以后，滁县地区确定来安的平阳、滁州的沙河集、城西、全椒的赵店、凤阳的鹿塘、嘉山的石坝6个水库(当时尚有天长釜山水库)为水产部门经营，其余大中型水库养鱼由水利部门经营。凤阳的官沟水库由于淹没区的关系，1987年凤阳县决定将水面经营权交淹没区曹店乡经营。
由于渔政管理困难，水利渔业曾有过几种经营管理形式。80年代初，凤阳山水库曾采用水库、乡、村联合养鱼，淹没区周边的乡村，均作为股份与水库管理所共同联股养鱼。对此种办法，《安徽日报》曾作重要报道，并予推广。但由于乡村投资少，或不投资，只参加管理，渔业的生产发展仍难以解决。如黄栗树水库改为联合管理，付给乡村一定的管理费，或根据产值产量提成给参加管理的乡村，其余由水库自理。渔政管理特别困难的，曾请县领导或公安部门入股经营。后来由于国家规定领导人员、公安机关不能参与经营，都陆续取消。截至1992年底，多数水库采取自营，部分水库承包给养鱼专业户经营，部分县成立水利派出所进行渔政管理，少数水库由公安派出所承包渔政管理。
水利渔业的发展虽然起步较晚，但成绩还是可观的。成鱼产量由1978年的22.66万公斤，增至1992年的128.2万公斤；已初步建立了独山、黄栗树、马厂、解放、岱山、高峰、燕子湾7处人工繁殖孵化设施，有鱼池2449亩，库湾养鱼56亩，网箱150只3.2亩，船只838条。1987年在东寺港水库进行半精养试点，水库水面600亩，1987至1988年两年总产达9.71万公斤，每亩单产达76.8公斤，盈利4.53万元。1989年在独山水库库湾进行精养优质鱼试点，水面56亩，总产达1.81万公斤，其中优质鱼达1.56万公斤。但网箱养成鱼和鱼种的试点一直不成功。
三、多种经营
1978年以前，水利管理单位对开展多种经营不够重视。因此，只搞些小修小补的服务性行业和代农加工等项目。1978年全区国营库站多种经营产值仅62.83万元，占当年总收入260.53万元的24.1%。1979年以后，全区水利系统各级领导逐渐提高认识，把多种经营列入议事日程。1983年，全区国营库站多种经营产值(包括水产)已达281.3万元，占总收入676.45万元的41.6％。1988年，产值已达967.8万元，占当年总产值1810.3万元的53％。这期间，各县水利部门也有一些单位，选取项目不当，有一些失误，如定远县的大麦芽厂、沙河集水库的碱厂、嘉山县养鸭厂、凤阳县的铸造厂、天长县的玻璃丝纺织厂、黄栗树水库的瓶盖厂等，加之工艺流程落后，设备陈旧简陋，或经营管理不善，以致亏损严重。天长县由于起步较早，发展的步子稳中有快。截止1992年，其玩具厂、灯具厂、电线厂、年产值都在百万元以上。1992年全区水利系统综合经营总收入达6702万元，其中种养业7.9万元，渔业378.1万元，工业2568.1万元，建筑运输业2133.5万元(包括水利建筑安装工程处、队)，商旅服务业1270.2万元，其它收入344.5万元；实现利润665.2万元，税后利润672.5万元。但水利管理系统国营库站增加不多，1992年为1240.86万元(包括水产)，比1988年增加278.06万元，增加28％，占总收入的37.5％。