1958年“大跃进”中创办的滁县“五一”制药厂和“三八”制药厂，分别于1960年和1961年停办。1964年，来安县二轻局创办一个玻璃仪器合作小组，仅生产少量的医药玻璃仪器。
1970年地区药材采购供应站创办了滁州制药厂，生产中成药。1971年安徽省建设兵团创办滁州第二制药厂，生产西药土霉素硷和大针剂。1974年定远县二轻局创办定远县石膏绷带厂，生产石膏绷带等医疗器材产品。1977年滁州第二制药厂撤销，部分设备人员并入滁州制药厂，成立西药车间。同年，全椒县酒厂创办四环素碱生产车间，1978年与酒厂分家独立，成立全椒县制药厂，同年，凤阳县临淮关搬运站创办“五七”厂，生产中成药1989年整顿药厂时成立凤阳制药厂。1982年凤阳临淮关竹器社引进玻璃注射器项目，成立凤阳注射器厂。各生产厂家多属手工操作，到1980年，全区医药工业总产值不足300万元，利税不足30万元。
80年代本区医药工业进入发展阶段。1982年，来安医药玻璃仪器合作小组由省医药管理局列为药用包装定点生产企业，生产抗生素瓶等药用包装产品。1987年，来安县二轻局和天长县杨村乡分别创办厂来安医药仪器厂和天长注射用品厂，生产玻璃体温计和—次性输液器等医疗器材产品。1988年，天长县和凤阳县教委、二轻局，全椒县城东乡，来安县二轻局分别创办了天长输液器厂、凤阳县卫生材料厂、天长县卫生材料厂、全椒县医疗器材厂、来安县淀粉厂，生产一次性输液器、创可贴、药用淀粉等产品。同时滁州市医药工业研究所和凤阳农业中学又创办了滁州实验制药厂和凤阳中都制药厂，生产西药片、胶囊。1989年嘉山县计委创办了明光制药厂，生产西药片、胶囊。1992年地区教委创建了滁州医药包装厂，生产药用铝箔。同年按照国家规定，天长医药玻璃厂、天长福利制瓶厂、定远玻璃厂、来安密封件厂、来安橡胶厂、来安建华医药玻璃厂、皖东钢管厂铝盖厂(后改为安徽来安康达胶囊厂)、全椒橡胶制品厂、来安塑料二厂等9家生产药品包装材料企业，申请归入医药行业管理，井领取了国家医药局核发的医药包装生产企业的许可证。
1992年滁州医药包装厂与港商合资，投资286万美元，引进年产560吨PTP药用铝箔生产线，成立了安徽东方药品包装有限公司。凤阳县卫生材料厂与台商合资，成立了安徽福华卫生材料有限公司。
1992年全区医药工业企业14家。主要产品分别为：化学原料药1730吨，中成药278．11吨。