西晋前，本区境内无州、郡一级行政建置。东晋时在今区境内设钟离郡并侨置顿邱郡、南谯郡等。南北朝梁大同二年(586年)在今滁州市置南谯州，隋开皇九年(589年)改南谯州为滁州，历经唐、五代十国、宋、元、明、清数朝。其中唐、宋、元时期，州治清流，领清流、全椒、来安(永阳)3县，主管官员唐、宋时称刺史、知州事或知州，元时称达鲁花赤：明、清时期滁州为直隶州，领全椒、来安2县，主管官员称知州。
明洪武初年，朱元璋在自己的家乡建中都城，并置中都留守。洪武七年(1374年)，罢建中都城，改中都留守为中立府，不久又改称凤阳府。凤阳府初领9州18县，后领5州12县，在今滁县地区境内领凤阳、临淮、定远(以上3县为府领直县)、天长等4县，主管官员称知府。凤阳府初属中书省，明永乐元年(1403年)直属南京。清朝建立后，先属江南省，后改属安徽省。乾隆二十年(1755年)属安徽省风颍六泗道。
民国元年(1912年)，安徽省裁府撤州，各县均直属省府。民国14年，安徽省实行省、道、县三级地方行政体制，今区境各县均属安徽省淮泗道，主管官员称道尹，驻凤阳县府城镇。民国21年至38年，区境各县先后划属安徽省第四、第五、第六行政专员督察区(又称专区)，主管官员称专员，专署先后驻滁县县城、全椒县古河和嘉山县明光。
抗日战争时期，本区大部为中国共产党领导的皖东抗日根据地(1942年起改称淮南抗日根据地)，先后建立皖东(淮南)津浦路东各县联防办事处和皖东(淮南)津浦路西各县联防办事处以及滁县、全椒县，来安县、定远县等抗日民主政权。民国30年(1941年)1月和9月先后召开津浦路东，津浦路西第一届临时参议会，选举产生了正副参议长。民国32年初，津浦路东各县联防办事处和津浦路西各县联防办事处分别改称津浦路东专员公署和津浦路西专员公署。民国34年(1945年)10月，中共领导下的华中解放区成立苏皖边区政府，区境分属华中第三、第四行政区。
建国后，全区各级人民政权相继建立。1954年全区各县相继召开第一届人民代表大会，代表各县人民行使管理国家事务的权力，选举产生各县人民委员会(后改为县人民政府)。为了加强省人民代表大会常务委员会与全区各县(市)人民代表大会常务委员会的联系，1984年11月成立中共滁县地委人大工作办公室，1992年5月改设滁县地区人大联络委员会，作为省人大的派出机构。同时为加强省政协同全区各县(市)政协的联系，成立滁县地区政协联络处，作为省政协的派出机构。