清末，书院改为学堂。本区各地兴办学堂63所(中学堂2所，师范学堂3所，小学堂58所)。清光绪二十七年(1901年)，凤阳府淮南书院改为凤阳府官立经世学堂(光绪二十九年，改为凤阳府官立中学堂)，招收凤颖六泗道诸生(秀才)40人入学，学制四年。光绪二十八年，全椒县改襄水书院为“全椒县立高等小学堂”，实际授中学课程。
光绪三十二年，全椒县师范传习所创办。宣统元年(1909年)，凤阳府官立师范学堂在鼓楼东街凤阳府试院创办，学生53人。同年，天长官立初级师范学堂在石梁书院创办，学生30多人，学款740元。
光绪二十四年前后，美国人司古德(牧师)在滁城公管巷基督教堂创办“基督女学”，是皖东新式学堂之始。光绪二十八年，来安县改建阳书院为官立高等小学堂。光绪二十九年，清政府正式命令废科举，兴学堂，本区又陆续在书院、考棚、儒学署以及祠堂、庙宇办小学堂。至宣统三年，本区共创办官立、公立和私立小学堂58所。
民国始，学堂改称学校。