为增强医疗卫生单位的生机活力，打破吃“大锅饭”的局面，市卫生系统在1979年11月确定市第一人民医院和镜湖区医院进行经济管理改革的试点。1980年由点到面铺开，并完成对11个市、县和区级医院的药品管理改革工作。1982年起，对医院卫生经费实行按病床补助，对全额单位实行预算包干。1985年起，进一步将卫生经贸与任务完成情况及精神文明建设等挂上钩。
在各基层单位，从1984年起，先从后勤部门开始，逐渐到医技科室，试行了单项或综合性的技术经济承包责任制，将技术任务、医疗质量、服务态度等与经济指标结合起来进行承包。由于责、权、利结合，调动了积极性，潜力有所发挥。1985年起，为贯彻多层次、多渠道、多形式办医的方针，发展了一批医疗联合体，并积极鼓励和支持个体行医、社会办医。医疗联合体打破了长期以来条块分割的卫生体制。如，市牙病防治所与南京口腔医院的联合体，马塘区医院与上海医科大学五官科医院的联合体等，在市内与市外、各级各类医院之间进行横向联系，以大带小、以高带低，挖掘了大医院的潜力，增强了小医院的活力，提高了基层业务技术水平。