九华山佛教组织建于民国初期中华佛教总会成立之后。1912年在上海留云寺召开中华佛教总会成立大会，公推敬安(字寄禅、别号八指头陀)为首任会长，并设本部于上海静安寺，设机关部于北京法源寺。继后，名僧月霞、竺庵等在安庆筹组“安徽省佛学会”(后称佛教会)。1913年，九华名僧果建命其徒妙珑(又名定朗)随寄禅和尚参与筹建九华山佛教会，同年正式成立青阳县佛教分会，会址设在南泉寺(即青阳县城内水府庙)，会长本修。1914年，该会易名为“青阳县九华山佛教会”，“为本山总机关，由丛寮组织之。性质与地方自治相近”。(1925年姜孝维《九华指南》)。会址迁至化城寺。由于九华山长期隶属青阳县，九华僧人包括在青阳县的僧众之中，故“青阳县佛教分会”和“九华山佛教会”的名称经常交替出现，其实都是九华山佛教的统一组织。

民国期间，九华山佛教会经过多次变动，历年主要任职情况分述如下：

1914至1922年，九华山佛教会会长本修，副会长心坚(1919年赴安庆迎江寺住持)。

1922年，继任会长闻经。

1924年，会长叶舟，副会长太沧、海波。

1924年，安徽省佛教会派竺庵和尚来九华山，改组九华山佛教会，成立“安徽省佛教会九华山支会”。会长心坚，副会长海波、太沧等6人，日常事务由海波代理心坚主持。

1928年，九华山支会改选，主任为心坚，后易为叶舟。宽明、常谛、良舟等为常委。

1928年3月12日召开“中国佛教会安徽九华特别分会”成立大会，推选容虚为主席，良舟为副主席。

1929年11月，成立九华山佛教联合会，会长宝严，副会长悟月，聘请青阳绅士高紫垣为名誉会长。

1932年，恢复九华山佛教会，设常委制。主席容虚，常委常谛、妙龄、悟月、瑞祥。

1933年，九华山佛教会召开第四届代表大会，选举容虚为常委主席，宽慈、宝严、妙山、普明为常务委员。

1935年，九华山佛教会召开第五届代表大会，改称“中国佛教会青阳分会”，设理事制。理事长宝严，常务理事宏志，容虚、义方、化雨。

1944年3月，召开第七届改选大会。

1946年，改会名为“中国佛教会九华山分会”。

1947年10月，中国佛教会理事长章嘉呼图克图指令，订正会名为“中国佛教会九华山直属支会”。

1948年3月，召开第九届理监事改选大会，正式启用“中国佛教会九华山直属支会”会名。推选宝严为理事长，义方、悟月、宏瑞、化雨、守信、则霞、宽德、慧真等为常务理事。

1949年后，九华山佛教组织发生了重大变化。4月，中国人民解放军渡江南下，“中国佛教会九华山直属支会”解体，一度由各寺庙长老代表会议组织活动。10月1日，中华人民共和国成立。按照人民政府统一建制，九华山成立行政村，下设十个闾，佛教徒为第一、第二、第十三间，每闾推选一个代表处理日常事务。1950年佛教徒又分为8个小组，僧为5个组，比丘尼为3个组，每组推选组长一人，负责本组事务和教务活动。

1950年4月，九华山佛教徒成立了“抗美援朝支会工作组”。义方为组长，入会僧尼200余人。

1952年，佛教徒成立了3个互助组。1955年12月，3个互助组合并转为九华山佛教农业生产初级合作社，入户73户，僧71人，比丘尼59人，下设3个生产队。社长先为释义方，后释正善继任，释乐崇、尼本静为副社长。

1958年，九华山佛教农业生产初级社转为九华公社所属的佛教生产大队，下设4个生产队(前山3个，后山1个)。这期间被选为大队干部的先后有释正善、惟和、普全、晓悟、仁德和比丘尼圣慈等。

1962年，九华山佛教徒召开了建国后第一次代表大会，成立了佛教协会，选举宏瑞为会长，寿田、正善为副会长。佛教协会是佛教徒的群众组织，管理宗教方面的工作，行政事务和生产、生活方面的工作仍由佛教生产大队负责。这时，佛教生产大队长为惟和，副大队长为普全。

1965年，九华山佛教协会召开第二次代表大会，选举直纯为会长，仁德为副会长兼秘书长。这期间佛教生产大队由释普全、惟和、尼圣慈等人负责。

1966年至1976年，佛教协会停止活动。佛教的生产、生活、学习等事宜仍由佛教生产大队负责。普全为大队长，仁德、惟和为副大队长。

1979年，九华山佛教协会恢复活动。10月召开第三次代表大会，选举普全为会长，仁德、惟和为副会长。

1981年1月，九华山佛教协会召开委员扩大会议，成立了“九华山佛学研究组”，普全任组长，仁德、惟和为副组长。同年9月，佛协成立了治安保卫委员会，主任普全，副主任仁德及尼圣慈。

1984年12月，九华山佛教协会召开第四次代表大会，改选了新的领导机构，由委员制改为理事制。仁德任会长，普全、晓悟、比丘尼常洁为副会长，惟和任秘书长，岳藏、本旺任副秘书长。常务理事8人，理事13人，平均年龄62．5岁。

1988年12月12日至13日，九华山佛教协会召开第五次代表大会，出席代表70人。选举理事31人，常务理事11人。仁德任会长，普全、晓悟、尼无垢任副会长，本旺任秘书长，岳藏、印空任副秘书长。