萧良有生而颖异，被誉为神童。7岁时，他去拜访一名高官，那官人知他是位神童，并且善对，就想当面试他一试，遂出一上联为：“官舫夜光明，两轮玉烛。”萧良有答道：“皇都春富贵，万里金城。”那位官人正夸奖说：“对得好，对得好！”手下人请他处理一件急事，他对派去的人说：“尔去即来，二十四弗来，二十五来；二十五弗来，二十六来。”萧良有以为这位高官又出了第二联要他作答，所以立即答曰：“静极而动，一爻不动，二爻动；二爻不动，三爻动。”高官一听他居然又当对作，顿觉好笑，但也不得不从心里佩服这位小神童的思维敏捷，对答如流的功夫。萧良有年15岁便考中乡试第五十四名，与其弟萧良誉游南京国子监。祭酒许国对他们的文章大加赞赏，一时名士纷纷与之结交，“两萧”之名遂噪海内。
万历八年（1580）庚辰科会试，萧良有拔得头筹，为会元。殿试时，首辅张居正的小儿子张懋修被定为一甲第一，萧良有只得屈居第二，授编修。其弟萧良誉也为同榜进士。母亲去世，萧良有辞官回乡守丧，期满回朝，补编修。万历十三年（1585)充《大明会典》纂修官。
万历十四年（1586）奉命进内府司礼监教书。晋升为翰林修撰，充经筵日讲官。
当时朝野上下均以攻击已故首辅张居正为能，萧良有独持异议。认为：张居正并非奸相，只是稍有些“恃权而骄”罢了。今天人们无视他为政时的功绩，可见“其废贤足矣”，“奈何令圣主有辱大臣0僝子名哉”。萧良有的铮铮之言，受到内阁许国的赞同，于是-请神宗制止对张居正的恶意攻击，萧良有也因此受到那些攻击者的侧目。
建储议起，萧良有-言道：政府谓当力请册立之期与主上定成约，以为社稷计，得则留，不得则去，毋负公论而履危机。首辅王锡爵秉承神宗之意，提出“三王并封”。萧良有又-力争，此议遂废。
万历二十三年（1595）二月，萧良有升任国子监祭酒。他教导学子以李时勉、陈敬宗为典范，杜绝干谒，严格考选，六馆学子“凛凛向风”。
萧良有曾两次出任乡试主考官，一次出任会试同考官，所取之人后皆为名臣。他在翰林史馆十余年，负公辅之望。凡阁省有缺、国家大计常常向他咨询。但也正因为萧良有生性伉直，对于时政多所指摘，也遭到一些人的猜忌。
给事中叶继美-萧良有侵犯六部权利，萧良有遂上章请求终养。归乡后八年而卒。
萧良有长于制诰文字，天下都为他未能被朝廷重用而惋惜。天启初年，以曾为东宫讲学之功，赠礼部右侍郎。
著有《玉堂遗稿》传世。