南药，原指东南亚和非洲等地所产的药材。西双版纳由于气候条件优越，有南药的异种、缘种生长，蕴藏着丰富的药物资源，生长着缩砂蜜、安息香、云南萝芙木、千年健、蔓京子、使君子、重楼、琥珀等几十种药材。有些药物虽然与传统南药不是同种，但药效与南药相同，也归属于南药类型。解放以后，为解决南药严重不足的困难，西双版纳在国家的扶持和有关科研单位的支持、帮助下，利用优越的自然条件发展南药生产，使许多外引南药在西双版纳扎根。全州3个市县中，有一市一县被列为云南省药材生产基地县，全州的南药种植面积已达到6000多公顷，成为小有名气的南药之乡。
砂仁，是西双版纳生产的主要南药。这种姜科豆蔻属多年生草本植物的果实，具有行气、健胃、消食等效用。中医用于医治胃腹胀痛、恶心呕吐、肠炎、痢疾。民间以嚼食或泡酒医治胃肠疾患。这种药材可种植的地域十分有限，但西双版纳的生态环境却有利于砂仁的生长。据药材部门50年代中期调查，全州有野生砂仁733公顷，有产面积340多公顷，年产量达5200多千克。西双版纳的野生砂仁，经中国医学科学院药用植物研究所等部门进行植物和生物检验、鉴定，药品质量上乘，为药材公司收购。
由于西双版纳具有发展砂仁生产的条件，医科院药植所和药材部门，从60年代中期便开始有计划地引种品质最佳的阳春砂仁，经试种获得成功后，在景洪市、勐腊县大面积推广。全州砂仁种植面积已超过4000公顷，产量已占全国砂仁产量的20％~25％。西双版纳引种的阳春砂仁，经国家有关部门组织专家鉴定，性能、品质与原产地相同。
爪哇白豆蔻是姜科多年生草本植物，果实有消食健胃作用，主治吐逆反胃、腹账、呕吐。西双版纳从70年代引种成功，每株每年可分生植株15株左右，自然结实率一般为20％~40％，最高可达70％，在自然状态下，每公顷可产225千克。全州已广种植200多公顷，部分白豆蔻已开花结实，现有产量约3000千克左右。目前的引种面积，位居全国榜首。
萝芙木，西双版纳傣语称为麻三端，原有野生种。萝芙木根有镇静、降血压、活血镇痛作用。用下于治疗高血压、眩晕、失眠等症，是提取利血平和寿比南山的原料。西双版纳虽有野生萝芙木，但藏量有限。因此，医科院药植所于60年代开始引种催叶萝芙木，中国萝芙木、印度萝芙木等十多种萝芙木属植物。引种成功的催萝芙木中利血平含量高达0.1％，位居国内引种地之首，已用于制成降压灵投放市场，首批出口阿尔巴尼亚。
此外，西双版纳生产的南药，还有儿茶、槟榔、檀香、肉桂、益智仁、洋苏木、胖大海、千年健、千张纸、丁香、芦荟、柯子、毕拨、血竭、马钱子、南天仙子、雅胆子等。除南药外，西双版纳还有众多的民族医药。据本州医药卫生部门调查公傣药便有1208种，已收集编入《西双版纳傣药志》内300多种，其中有8种已收入《中国药典》、有24种收入《云南药品标准》。植物王国中的三桠苦、美登木、八角香兰等都是具有特殊药用价值的植物。在各个景点，还可以看到袋装医治肾病的肾茶和具有南方人参的绞股蓝，任凭游人选购。
