九华山气候凉爽。青阳县城全年平均气温16.1℃,九华山从山脚到山顶全年平均气温分别是:一天门15.3℃,龙池庵14.4℃,九华街13.4℃,百岁宫12.5℃,拜经台11.5℃,天台10.6℃,十王峰9.9℃。夏凉冬温,年温差不大,宜于人们生活和旅游。
表1九华山代表性高处各月平均气温分布(单位:℃)

九华山气温受下列因素的制约和影响:
一、随海拔高度的变化而变化,海拔高度增加,气温降低。从青阳县城到九华山天台东坡药材场,气温递减率全年平均为 0.47℃/100米。
二、气温递减率有明显的季节变化,属夏大冬小型。夏季平均气温递减率为0.59℃/100米,春、秋为0.44℃/100米,冬季仅为 0.39℃/100米。
表2
九华山区不同海拔高度四季气温及平均递减率

三、气温递减率随着坡向不同而有差异。山体南坡接受太阳辐射大,同海拔高度的气温比北坡高,因此气温递减率南坡大于北坡。
四、山区逆温现象。九华山逆温现象常发生在桥庵附近,即海拔300米到400米之间。尤以11月、12月和1月最为明显,分别比青阳县城高2℃、1.2℃和0.9℃。这是因为冬天冷空气较重,夜晚时就会沿山坡进入山谷底部,使得高处气温反而比谷底高。青阳县城一些难以越冬的植物可以在桥庵附近安全越冬。
九华山冬季大部分地区平均气温为0℃左右,冰冻时间长, 1986年1月5日九华街极端最低温度为-11.8℃;1984年12月 24日药材场极端最低温度为-13.3℃。极端最高温度一般在8月,1983年8月5日九华街为34.5℃,药材场为31.3℃。
活动积温随海拔高度升高而减少。稳定通过10℃的年平均积温,青阳县城为5150℃,桥庵为4890℃,九华街为4300℃,百岁宫为4100℃,药材场只有3250℃左右。