九华山山高林密,动物资源很多。动物区系大致情况是:
九华山兽类约48种,分8目17科。按其地理型划分,东洋界型36种,古北界型12种,两者比例为3:1;依种类划分,食肉目和啮齿目最多,偶蹄目居次。
九华山两栖类动物13种,分2目6科。按其地理型划分,属东洋界的11种,占84.6%;广布种仅黑斑蛙种、中华大蟾蜍2种。
九华山爬行类动物24种,分3目8科。其地理型属东洋界的 17种,占73.9%;广布种6种,即鳖、北草蝌、赤链蛇、黑眉锦蛇、虎斑游蛇和腹蛇。
九华山鸟类168种及3亚种,分属15目38科。其地理型可分为两类:东洋界型81种,有80种在此繁殖;古北界型87种,仅 37种在此繁殖。在117种繁殖鸟中,两者的比例为2:1。这显示九华山鸟类区系具有南北混杂过渡性,但倾向于华南区,不少华南区鸟类在此繁殖颇盛。按不同季节的留居情况,其季节性可属四类:留鸟65种,夏候鸟51种及1亚种,冬候鸟30种及2亚种,旅鸟21种。
表10
九华山鸟类地理型及季节型之种数

九华山鱼类尚未有专题调查资料,名录不详。就区系而言,主要是长江鱼类区系成分。
九华山禽兽中,列为国家一类保护有梅花鹿、黑鹳;二类保护的有鸳鸯、白颈长尾雉、猕猴、短尾猴、白鹇、黑麂、大灵猫、小灵猫、穿山甲;三类保护的有白尾海雕、金钱豹、獐、苏门羚、青羊、青鹿等。九华山目前野生动物资源正在逐年减少,种群类也在衰退,其原因主要是近几十年来人们盲目捕杀造成的。