同治三年（1864 年）

一月
六日（2月13日）太平军李世光、李元茂等率军占领绩溪县。九日退出。
五月
十九日（6月22日）英国戈登到安庆会晤曾国藩，劝改革军事。
七月
十九日（8月20日）太平天国首都南京沦陷，忠王被俘，幼天王出走，湘军占领南京。太平天国革命失败，全国抗清运动转入以捻军为首的艰苦斗争时期。
二十九日（8月30日）黄文金等至广德州，即于是夜放弃广德州，保护幼主向宁国县进军。
七月（8月）白景战役后，太平军、捻军的一支以扶王陈得才及张宗禹、陈大喜为首，进入安徽。
九月
七日（10月5日）两江总督曾国藩奏："遵绘安徽全省地图，并长江图说进呈"。
十月
七日（11月5日）太平天国扶王陈得才部回救天京途中，在霍山黑石渡与僧格林沁军决战失利，部将马融和等投降。陈得才服毒牺牲。
十月（11月）后期捻军领袖张宗禹、任化邦与太平天国遵王赖文光部联合，共同坚持抗清斗争。
是年全省水灾、旱灾迭至，68州县受灾，建德旱灾，民大饥，食树皮、观音粉，胃被堵塞，死者甚多。