咸丰三年(1853)，太平军50万自武汉沿江东下，经望江，烧毁县衙及圣庙，杀知县卫君选、巡检王泗、典史王宝华。同年，石达开西征，一度攻占望江，设防驻守。咸丰五年一月，石达开率水陆大军，经望江袭击鄱阳湖清军，大败曾国藩。二月，李秀成、秦日纲等率西征军经望江西上再克武昌。咸丰七年，清廷兵部侍郎彭玉麟、提督杨载福率水军攻占小孤山，安庆太平军来援，屯马当和华阳，复占小孤山。同年八月，太平军攻克县境西北的磨盘山、张北山，杀团练程廷辅。咸丰八年，太平军在老鸦滩与清军遭遇，杀练总刘焱、吴斌。咸丰九年，彭玉麟、杨载福率水师沿江东下，夺小孤山。太平军扼守望江、太湖，成对峙局面。咸丰十年二月，清军分水陆两路直逼安庆城外，太平军坚守苦战1年之久，同治元年(1862)安庆失守，望江重为清军占领。
太平军在县活动前后达10年，在县城青林寺设立办公所，颁布《天朝田亩制度》。