一、管理机构
民国18年(1929)夏，县政府设建设专员，随后成立建设局，水利工程属该局执掌。21年，局改为科，并于2月成立水利工程委员会及各区分会，专司水利事宜。1949年，水利工程由县人民政府建设科管理。1952年9月，县人民政府设立水利委员会，主任由县长兼任，配秘书、技干、会计各1人，与建设科合署办公，业务属建设科兼管。各区、乡相应成立水利委员会，区、乡长兼主任，委员由基层干部兼任。1954年7月，撤销水利委员会，成立县人民政府水利科，编制4人，下设花凉亭水文站，合水涧水文站，姜家岭、弥陀、寺前雨量站，县水利工作队。1958年12月，撤销县水利科，成立县水利电力局，编制30人。1968年农业、水利、林业三局合并，成立“太湖县农林科技服务站革命委员会”，各区设农林水站，各站增设水利干部1人。1970年，农林科技服务站撤销，成立县革命委员会水利电力局，1981年更名为县水利电力局，内设人秘、电力、财供、农水工管四股。
二、圩堤管理
建国前，水利设施大多为私人、公堂占有，较大的堤防有河田或公堂田，田租用于岁修，由户尊、族长或乡绅管帐，较大工程通过募资选定一至几个有身份的人士掌管，制订议约，分段维护管理。解放后，千亩以上的圩堤设1至3名管理人员，按受益田亩分担人员工资。重点圩堤成立堤工委员会。1956年实现农业集体化后，水利设施为集体所有，由当地受益社队管理，较大的设施由水利部门管理。
三、水库管理
水库有国家、集体、个人三种管理形式。属于国家管理的有花凉亭水库、方洲水库；属于集体管理的都是一些小型水库，由当地受益的生产队管理。灌区跨乡的由区设立管理机构，如罗山水库；跨村的由乡设立管理机构，如刘羊、花园、赤河，由村联管的如茂山、陈辉等。1981年实行农业生产责任制后，有些小型水利设施，由集体承包给个人管理。
四、渠道管理
境内最大的渠道是花凉亭水库的总干渠和太望、太怀、太宿三条分干渠，由地区灌区管理局管理。1978年6月，成立花凉亭灌区太湖县管理所，职工9人，管理县内所属灌区工程。支渠以下由所属乡村管理。姑塘、李桥两支渠设有管理所。1978年元月，成立方洲水库管理所，定编15人，下设界址河、清水塘管理段，配农民管理员11人。支渠以下由所属乡村自行管理、受益地段分段管理维修。如遇干旱季节需灌时，则按照各支渠灌溉面积定流量、定时间，统一分水。
五、塘堰管理
小型塘堰由受益地区组织管理。管理原则是：上游照顾下游，下游服从上游。农事需水季节设专职看水员，由看水员放水，不得任意偷放，田间保持水位以“定水缺”为准，不得任意加高或降低。
六、水费征收
建国以前，本县的灌溉工程，都是自管自用，较大的花园圩灌区临时筑拦河坝，拦筑时没有出工的受益户，必须按每亩1元交纳水费。
1955年，水利科制定流动灌溉机械租灌水费标准：根据机械成本折旧、燃料、修理费和投工工资等计算，15马力机组每小时2.97元，12马力机组每小时2.34元，8马力机组每小时1.6元。1957年，一些小型水利设施管理人员的工资是确定合理的工分，由受益社员负担。
1962年起，按照以水养水，谁受益谁负担的原则，按受益田亩分摊水费。汪洋、罗河、石河、周冲、莲花、丰收等水库，当时征收水费的标准每亩大约0.2元至o.35元。
1967年，花凉亭灌区决定征收水费8.5万元。1969年又决定自流灌溉面积每亩征收0.4元、提水灌溉面积每亩0.12元。是年，实收望江县水费10万元。1978年，安庆行署决定：花凉亭灌区征收水费以32万亩计，每亩1元，每年征收32万元；地县管理机构按四六分成，到1985年不变。太湖县按分配数以8万亩计征。1979年8月，县人民政府规定，花凉亭灌区水费随粮、棉代收，上缴地区管理局40％，上交县管理所37％，公社留成20％，付手续费3％。
1984年9月6日，县人民政府根据《安徽省水利工程水费收交使用和管理办法(试行)》的精神，遵循“保本自给、适当积累，以丰补歉”的原则，对县内水费标准做了规定：方洲灌区每亩1元，小(一)型水库灌区每亩0.8元，小(二)型水库灌区每亩0.5元，机电排灌站除油、电费外每亩0.5元，其他工程参照小(二)型水库灌区标准征收。
七、资金来源
民国时期水利经费较少，资金来源主要是集资、拨款、工赈等。
建国后，水利兴修所需资金来源主要是：拨款、贷粮、贷款、以工代赈、集资、国家投资、集体投资、群众自筹等。
1950年，政府对兴修水利，按工发给一部分粮食，实行以工代赈。1951年实行水利兴修贷粮贷款。1952年起，为扩大水利经费来源，在地方征税的同时征收水利集资粮，交地方财政，作水利经费使用。1954年以后，国家采用民办公助的办法，每年拨给一定的水利事业费，帮助农民兴修水利，同时对于重点工程，国家在“三材”(钢材、木材、水泥)和施工设备的购置以及技工工资等方面给予补助金，有的重点工程，对非受益户开挖的土方给一定数量的土方补助。50年代末期，水利集资粮改为地方附加，仍用于水利建设。
1958年以后，由于水利事业的发展，水利工程从小到大，国家除每年拨给水利事业费外，还对上级批准的水利基本建设项目给予基本建设专项投资。列入基本建设项目的工程，开挖土方也付给一定的报酬，所需“三材”有专用指标。
对于防汛抗灾，国家每年都下达防汛抗旱经费，用于正常的防汛抗旱开支，在遇到特大水旱灾害时，国家根据灾情增拨专项费用。1985年，为尽快帮助交通闭塞、农业生产条件差的贫困地区改变面貌，国家动用库存的粮、棉、布以工代赈，修建水利工程。
1952至1985年，国家和地方对县内水利建设的总投资2512.94万元，其中基本建设经费867.62万元，水利事业费1645.32万元。投资总额按年均计算：1952至1960年为37.61万元，其中1952年0.18万元，1960年144.04万元；1961至1970年42.94万元，其中1961年61.69万元，1970年26.49万元；1971至1980年为100.2万元，其中1971年37.19万元，1980年107.24万元；1981至1985年为150.4万元，其中1981年63.46万元，1985年261.67万元。