古航道
明代初年，沿江的龙湖、大官湖和望江的大漳湖均为长江故道。华阳河以上的大部分土地为长江南岸沙洲。清康熙年间，宿松的曹湖、老洲头等地为“曹湖洼地”，终年积水。至咸丰年间，几经大水淹没，滩洼地逐渐淤高，长江主航道南移。道光元年(1821年)沿江筑堤(即今同马大堤之前身)，致使航道南移加速。
内湖古航道以龙湖为起点，分南北两线。南向经洪岭、逾鳡湖直抵湖北黄梅之段窑镇，线长70余华里；北向经乌池，过筑墩，越大官湖，再南行抵中沟入港，行30华里过坝头、下夹、直达老洲头入长江(古称泾江口)。
泾江口古为通江之要道，清光绪中叶，因防御水患，筑坝塞之，自此凡由此出江、入湖之货物，均须搬坝。
泾江乃古之夹江，由老洲头入口，流经下仓、黄婆港出北口而东进挖口直入长河。从望江吉水北插大漳湖，经皖河出张家港汇入长江，此为境内又一古航道。
现代航道
1949年后，内湖航道以许岭为起点，除许岭至华阳口一条主要出江航道外，其余各支线分别沟通境内沿湖有关区、乡之间的水运交通。这些航道是：佐坝至王岭、洪岭、新兴、坪岭嘴；九姑至筑墩、北风嘴、洪雨庙、许岭、东洪、下仓、九城畈、程岭至赤土坎、草皮坦达黄梅。
另以龙湖为起点，向南经洪岭逾泊湖抵达湖北黄梅之段窑；向北经乌池过筑墩直越大官湖，再南行经中沟入港。
1956年以后，因华阳建闸通江，内湖水位下降，内湖航道渐淤，自九姑至叶家嘴航道废弃；1957年坝头港因养殖场在该港北口连湖处筑坝养鱼，致使17.5公里的航道被堵；1966年围垦黄湖，在大官湖、黄湖之间筑埂未果，乱石阻碍航道。
航道治理
1956年5月疏竣了九姑叶家嘴航道，投工3627个，完成土石方1696立方米，耗资3424.52元；1971年3月治理许岭浅滩，投资2.5万元，完成土石方3万立方米，延伸航线一公里。复兴百子洲疏浚航道一公里，耗资5000元。