概况
伊期兰教是随着迁居合肥的回民而传人的。据回民柏、米、陶、沙四大家族的《宗谱》记载，其族祖早在元、明两代就已先后迁居合肥。明代永乐十七年(1420)，城区沙家巷建有清真寺。该寺于清咸丰三年(1853)毁于兵燹，后经沙冠三、陶宗唐、柏宝斋等修复。据民国初《皖政辑要》记载：“十九世纪末，南门丁家巷、北门盐义孜有清真寺，教徒700余人”。另一采访册云：“城内及四乡回教徒计万人”(元、明以后，从我国西北部和东南沿海迁入内地的回民逐渐增多。在汉族地区习惯上把回族称为“回教”，故在历史档案材料中常见有“回教”和“回教徒”的记载，而少有“伊斯兰教”名称)。
据民国23年(1934)《安徽省统计年鉴·民政·宗教篇》记载：时合肥县有回教徒2463人。据民国30年11月《皖北区合肥市社会团体调查表》记载：时合肥市有回教徒500余人。至1949年，合肥尚存丁家巷清真寺一所。1956年，市人民政府基于城市建设需要，将该寺由原丁家巷址迁至大东门内励志巷(立新巷)，划地2.27亩，拨款8万元，重新建造。新建的清真寺为一所阿拉伯式圆顶月牙楼殿堂。
“文化大革命”期间，合肥市清真寺遭到破坏，寺院被占为街道工厂，宗教活动被迫停止。党的十一届三中全会后，政府落实宗教政策，占用清真寺的单位迁出，房管部门于寺院内所建宿舍楼亦交付清真寺使用。之后，合肥市政府拨款5万元，加上清真寺自有出租房屋租金20余万元，在清真寺北面新建一座面积为650平方米共28间的附属楼房，已投入使用。
解放后合肥市回民人口增长情况统计表

组织
合肥的伊斯兰教，在合肥解放前，一直没有建立宗教组织。1951年11月，合肥市民政部门在进行社会团体调查时，对合肥的伊斯兰教以“中国伊斯兰教(回教)”名义登记。1959年，合肥市伊斯兰教始建组织，成立清真寺管理委员会。管理委员会由回民代表大会选举产生，设主任一人，副主任两人，委员若干人。清真寺管理委员会的宗旨是，协助政府贯彻民族宗教政策，管理好清真寺并负责处理清真寺的日常工作。
合肥清真寺历任阿訇简表
）
主要活动
合肥清真寺的宗教活动和教务，均由阿訇主持，每周星期五按期举行礼拜(亦称祝麻)。每逢开斋节，穆斯林和回民群众均举行庆祝活动。此外，在古尔邦节、盖德尔节和圣纪节等重大节日，也都有不同形式的欢庆活动。由于清真寺的扩建和民族政策的落实，参加礼拜和宗教活动的人数逐渐增多。
为尊重少数民族的风俗习惯，清真寺管理委员会加强了宰割和殡葬业务。合肥原有张洼乡回民公墓一处，1985年后报经政府批准并拨款十多万元，在肥西县南岗乡征荒岗地25亩，新辟一处回民公墓，已开始接收安葬。
随着对外开放形势的发展，合肥清真寺的外事活动日渐增多，截至1985年，该寺先后接待了来自约旦、巴基斯坦、黎巴嫩、科威特、沙特阿拉伯等国家伊斯兰教代表团和友好人士访问，与并客人共做礼拜，开展联谊活动。