一、旅客运输
清末，淮南开始出现轮船运输，始有固定的客运航线。光绪三十三年（1907年）利淮河工轮船有限公司在淮河开辟正阳关至江苏淮阴的客运航线，途经洛河停靠。民国26年（1937年）淮河上有26艘客船（燃煤蒸汽机），主要经营航线是蚌埠至正阳关、田家庵至三河尖，均在田家庵停靠。抗日战争时期，日本人组建的内河航运公司开设蚌埠至田家庵航线和田家庵至寿县航线，并在田家庵港口修建了1个混凝土结构客运码头。抗日战争胜利后，蚌埠航运总站、淮南矿路公司淮南铁路局轮运站和民营公票处均在淮南设站开辟客运航班，客班有田家庵至蚌埠，全程60公里，由公票处和航运总站联合经营；田家庵至正阳，全程82公里，每日对开，由淮南矿路公司经营；蚌埠至正阳客货班，全程142公里，由公票处经营。
50年代后旅客运输量和周转量连年增长。1954年客运量7.84万人次，1956～1965年国营田家庵轮船班、私营公票处、五轮公司3家企业在田家庵设点，出售船票办理客运业务。由于公路建设发展速度缓慢，水路客运优势得到充分发挥，客运新航线不断开辟。途经淮南市和从田家庵港始发的主要航线有：（1）蚌埠至正阳航线，全程142公里，途中停靠淮南市港口码头有新城口、洛河街、田家庵、石头埠、八公山、李嘴孜、孔集。（2）蚌埠至田家庵至马头城循环客班，沿途停靠新城口、青年闸、田家庵，全程90公里。后因客运收入逐年下降，运输成本高，1984年停业。（3）田家庵至西淝闸，沿途停靠平圩、祁集、毕家岗、应台孜、二道河等11个站点，全程共39公里，经营2年后，因客轮停靠点多为城乡结合部，无票乘船、打骂船员事件多次发生，营运亏本，1982年停开。（4）市交通局下属市轮渡管理所开辟市内水路客运短班2个航线。1964年2月田家庵至架河航线开辟，全程24公里，沿途停靠沿淮乡镇，乘客大多是到田家庵卖粮卖菜走亲访友的农民，1972年因收入少停航。1974年复航，改为夜宿架河，晨发田家庵，方便农民上街赶集，1980年停开。另一条航线是田家庵至上窑航线，全程24.5公里，沿途停靠洛河、新城口、外窑、上窑4个点，1968年正式投入营运，因市内公共交通发展，客流量逐渐减少，于1973年停开。60年代中期之后，全市客运量一直维持在10万多人，到80年代末停运。
二、渡船运输
淮河干流穿境而过，境内还有众多支流，渡船是解决两岸人际交往和货物运输的重要交通工具。洛河古渡和田家庵古渡是淮南地区最早的渡口。洛河古渡三面环水，在古代交通条件极不便利的情况下，渡船是唯一交通工具。田家庵古渡从明代起就已存在，至今仍是淮河南北的重要通道。到60年代初，淮南渡口发展到28道，有渡船97艘，运力161.95吨位。渡船都是木质小划子，备有双浆，靠人力操作。小船载重2～3吨，大船载重5～6吨，遇到洪水季节或风浪大时停摆，1978年木划摆渡停运。
1963年，田家庵渡口调进100马力（73.5千瓦）90吨位的3艘拖轮和4艘趸船。70年代，淮上渡口投入4艘渡船日夜摆渡。渡船内装有12马力（8.8千瓦）柴油机2部，稳定性好，安全系数大，抗风能力5～6级，船上备有消防救生器材，船两头均可靠岸，可摆8吨货车过河。为开发建设潘集煤田，70年代平圩轮渡运力得到加强，最盛时有6艘935马力（687.2千瓦）130吨位渡轮和2艘260吨位的渡趸，可同时摆渡24辆卡车。1982年，淮河大桥建成后渡口停运。
1981年，全市（含凤台县）共有渡船113艘，渡口82道，分布在全市11条河流上，木质船舶数占总船数84%，其中大多渡船处于不适航的状态。80年代中期，采取国家贷款、乡村拨款、村民集资等多种方法筹集资金260万元，投入改造渡口条件和渡船质量。其中省、市航运监督管理部门按照“确保重点、兼顾一般”的原则，无偿投资10万元。省交通厅、市有关部门也下拨一定数量的计划钢材、木材、桐油用于渡船的维修保养和更新改造。以后，全市木质渡船逐步更换成钢质船。到1990年，先后更新改造96艘钢质渡船，船舶技术状况有明显提高。1990年底，全市共有渡船129艘，渡口98道，钢质渡船占全部渡船的95%，分布在主要渡口；另外5%的木质、水泥渡船分布在狭窄支流渡口。
1954～1988年港口客运吞吐量表