马店区位于凤台县城西北部42公里处，凤利公路从境中穿过。西和利辛县的阚疃区接壤，北和蒙城县以茨淮新河为界，南和颍上县隔西淝河相望，东临顾桥区。全境东西宽15公里，南北长19公里，面积为183.2平方公里。辖马店、尚塘、杨村、肖集4个乡，43个行政村，282个自然村，292个村民小组，有户数：18896，人口：87001，其中农业人口：85649，非农业人口：1352，有耕地面积155796亩。
马店乡
马店从前为过路店，后来有个姓马的到此定居开店，因之称为马店。解放以来一直为区、公社、乡驻地，是凤台西北部较大集镇。马店乡东连古店乡，南靠杨村乡，西接尚塘乡，北邻肖集乡。全境东西长11.4公里，南北宽6.7公里，面积为41.06平方公里。辖马店、徐桥、毕湾、联民、清泉、利民、曾圩、邵集、邱集、邱庙、周圩、港南12个行政村，68个自然村，83个村民小组。有户数：4891，人口：21632，其中农业人口：21113，非农业人口：519，有耕地面积35111亩。
尚塘乡
尚塘是尚塘乡驻地，位于凤台西北部，距县城45公里。东、南两面靠马店乡，西邻利辛八里乡，北和蒙城隔茨淮新河相望。全境东西长9.2公里，南北宽8公里，面积为62.9平方公里。辖尚塘、龙庙、黑河、朱庙、宋台、安圩、王桥、崔海、安绠、南李、黄圩、郭庄、张徐13个行政村，111个自然村，195个村民小组。有户数：6432，人口：30204，其中农业人口：29806，非农业人口：398，有耕地面积51655亩。
杨村乡
杨村是乡驻地，位于凤台县西北，距县城34公里。东连钱庙乡，南与颍上县以西淝河为界，西邻利辛县，北靠马店乡。全境东西长8.5公里，南北宽7公里，面积为36.57平方公里。辖杨村、店集、刘庄、淝丰、韩湖、前圩、中塘、李圩、后海、彭庄10个行政村，49个自然村，69个村民小组。有户数：3875，人口：18177，其中农业人口：17865，非农业人口：312，有耕地面积34524亩。
肖集乡
肖集是乡驻地，位于县西北部，距县城37公里。东接兴集乡和古店乡，南邻马店乡，西靠尚塘乡，北和蒙城以茨淮新河为界。全境东西宽6公里，南北长9.5公里，面积为42.6平方公里。辖古城、秦刘、肖集、刘集、康圩、李庙、徐王、马集、永幸9个行政村，45个村民小组。有户数：3693，人口：16988，其中农业人口：16865，非农业人口：123，有耕地面积34506亩。