全县地表水总量239.2亿立方米，可利用量为4.36亿立方米。降水及径流量自北向南递增，随降水量多少而产生丰水年或枯水年。据县水文资料统计，年平均降水量905.2毫米，年平均径流量深296毫米，径流总量为3.22亿立方米。储于河、沟、塘、渠之中约1亿立方米，可供利用。
凤台县属淮河水系。流径县境的有淮河、茨淮新河、西淝河三大河流，另有港河、架河、泥河、黑河、永幸新河5条小河。有焦岗湖、姬沟湖、城北湖、花家湖4个湖泊，面积为46.33平方公里。有大沟25条，总长207.99公里；中沟363条，总长773.6公里；干渠750条，支渠10000条，总长723公里。全县总计水面16.76万亩，占总面积的10.8%。境内小型河、塘、湖、沟、渠纵横交错，形成水利排灌网络。
河流
淮河发源于河南省桐柏山的固庙，流经河南、安徽、江苏。干流长1000公里。淮河由陆家沟向东入县境，经乔口孜、方家坎孜向北，经寿塘关向西，经硖山口、西淝河入淮口而折北后向东，经姚涧湖、黑龙潭北行，经九里湾折向东出境入淮南市潘集区境。境内流程33.32公里，年平均径流量为281立方米/秒，总水量为1.5亿立方米，利用水资源为1500万立方米。比降为0.2/10000，坡降为0.25/10000。
永幸新河是人工开挖的河流。界于茨淮新河与西淝河之间，西北自尚塘乡的王桥向东南入淮。于1958年、1965年和1977年3次开挖，1978年1月竣工，全长42.63公里。上口宽32米至50米，下口宽26米，深度为5.25至6.5米，边坡1∶2，河底高度海拔18米。排涝水位海拔19至22米，灌溉水位海拔20.5至21米。航运为100吨级，设计流量120立方米/秒。
西淝河发源于河南省鹿邑县安平集西温渡口，向东南流经亳县、涡阳、太和、阜阳、利辛至邵楼村入县境，由硖山口入淮。境内流程45.2公里，流域面积410平方公里。总水量为4.2万立方米，利用水资源为5000万立方米。比降为1/10000，坡降为5/10000。
茨淮新河是人工河流。由阜阳县茨河淮铺改道向东，经阜阳、利辛、蒙城、凤台、淮南、怀远入淮河。全长134.2公里，流域面积7127平方公里。由利辛经港河口入县境，至武集乡孤堆胡村东北出境，县境流程34.51公里。总水量为5亿立方米，利用水资源为1.36亿立方米。河底高度海拔16至17.7米，河滩地高程海拔24.3至25.3米。设计水位海拔24至25米，防洪水位海拔27至26米。
港河自徐庄与永幸新河交汇处起，向东南经顾桥折南至港河闸入西淝河。境内全长28公里，流域面积110平方公里。河底宽16至26米，西淝河口海拔15米，坡降1/1000。
架河自关店乡小周庄，向东南流经丁集乡东部和清明孤堆西部，再经刘巴集东部入城北湖后入淮河。全长29.4公里，流域面积278平方公里。河道比降为1/5000至1/10000。排涝流量67立方米/秒。河底宽5至15米，河面宽30米左右，平均深度为3.6米。
黑河原名黑濠沟，或称黑泥河。是西淝河、茨淮新河之间的一条支流。它发源于蒙城县郭集南部，向东进入县境内的大兴集，即一分为二，南流为泥河，北流为黑河。黑河东流古路岗入怀远县境，全长54公里。县境内黑河段，上自关店，下至焦庄，过境长23.8公里，河底宽4至20米，深1.7至2.8米，边坡1∶2。河底海拔高度17.6至21.26米，流量55.8立方米/秒。
泥河又称东泥河或黑泥河。源自凤台县米家集西部，与黑河相交，向东南流经武集折南，经淮南市潘集区境内入淮，全长50公里，境内自苏家沟至老童集段长35公里。河底宽3至2.6米，河深1.6至2.6米，排水量123立方米/秒。
湖泊
焦岗湖旧称椒水，为沙河故道。位于县城西南15公里，南滨淮河，北近西淝河。水域东西长10公里，南北宽5公里，湖底高度海拔16.5米。流域面积569平方公里。流域跨颍上、凤台两县，凤台县境水域面积143平方公里。
金沟湖位于县城西北38公里处，原为西淝河右侧的河曲带，金沟自北穿湖流入西淝河。民国初年，金沟湖屡遭黄泛淤淀，到1949年已成为沼泽地。
姬沟湖古称鸡水，位于县城西北20公里处，为港河入西淝河处下游的河口段，南北长7公里，东西宽度南首1公里，北首0.6公里，面积为18400亩。建国初期，湖水面积为400平方公里。1956年筑淝左堤，将湖一分为二，建有港河闸，上游水面7000余亩，下游部分已作耕地。
花家湖位于县城西北10公里处，为西淝河下游的一个河湾带。东西长7公里，南北宽1.5至3公里，水域面积23000亩。
城北湖旧称十一家湖，位于县城北3公里处。湖域南北长5公里，东西平均宽度0.5公里，水域面积3800亩。这是架河下游的一个河湾段，旧时为洪水走廊，湖内淤淀严重。