县境主要自然灾害是旱、涝，其次是虫、霜。灾害次数，旱大于涝，灾害程度，涝大于旱。1883年至1985年的102年中，县境共发生水灾69次，其中重大水灾45次，占65.22%。清代29年间为22次，平均1.3年一遇；中华民国38年间为15次，平均2.5年一遇；新中国成立后的36年中，发生9次，平均4年一遇。1949年至1985年的36年间，旱灾共发生45次，其中春旱(3至4月)16次，发生频率为44.4%，平均2.5年一遇；初夏旱(5至6月)8次，发生频率为22.2%，平均4.5年一遇；夏旱(7至9月上旬)13次，发生频率为36%，平均2.7年一遇；秋旱(9月中旬至10月)8次，发生频率为22.22%，平均4.5年一遇。涝灾共发生38次，其中春涝(3至4月)11次，发生频率为30.56%，平均3.3年一遇；初夏涝(5至6月)6次，发生频率为16.67%平均6年一遇；夏涝(7至9月上旬)9次，发生频率为25%，平均4年一遇；秋涝(9月中旬至10月)12次，发生频率为33.33%，平均2.8年一遇。一年出现一次灾害的有5年，占13.89%；出现两次灾害的有16年，占44.44%；出现过三次灾害的有11年，占30.56%；出现过四次灾害的有4年，占11.11%。
年均降水量超过1000毫米，造成涝灾的年份有1954、1956、1962、1963、1964、1968、1972、1975、1979、1980、1982、1984年，共12年，占总年份的33.33%，平均3年一遇；年均降水量少于550毫米，造成旱灾的年份有1959、1966、1967、1978、年共4年，占总年分的11.11%，平均9年一遇。
造成旱涝灾害频繁的原因，主要为自然条件和地理环境。自然条件：县境地处温带中部，具有淮河流域的气候特点，年降雨量极不均衡。冬、春季节，多受西伯利亚高气压控制，雨量极少，春旱的发生频率为44.44%。5月至9月份，冷暖气团常在江淮上空持续交汇，出现连续性降雨天气，造成洪涝灾害。如遇副热高压控制，又会出现持续高温天气，发生旱灾。地理环境：县境西北高东南低，沿淝、港、架、泥、黑等河多洼地，两河中间形成岗坡地，易涝易旱。加之，淮河上游支流多，流域面积大，比降陡，流速急，如遇大雨，上游雨水汇成巨流东下，以硖山口，口窄堵水，致使淮河水位暴涨，大小涵闸关闭，内水不能外排造成涝灾。
凤台是地震活动区之一，历史上多次发生地震。据有关史料记载，至1985年，在北纬30°至35°，东经115°至120°范围内，发生在县境和波及县境的中强度地震21次，其中6级以上的6次，6级以下的15次。