淮河凤台段
淮河为县内航运的主要航道。从沫河口向东流入县境，经曹集乡的桥口、方家坎等抵元庆闸，转东北至东淝河口，又逐渐转向西北傍山而行，沿八公山、舜耕山、吴家山达淮河第一硖—硖山口(古称硖石)。而后向北转东以S形绕过凤台县城，折北而行，经黑龙潭至超河上口。至此，淮河分为南、北两支：南支入超河，北支入里河(旧称月河)。主航道原走架河转东南至小渡口再东去(两者之间系淮河故道，现淤浅不通航)，经盐窝、石头铺至平家滩两支会合。淮河东去至三道沟出县境，全长37公里。清朝中期通航的最大船舶仅是20吨左右的木船，轮船通航起于晚清。民国7年(1918年)正阳关轮船公司为了航运，仅对桥口孜至方家坎段浅滩进行一次清淤疏浚。民国27年始，黄泛9年，航道淤塞严重，每年枯水季节，阻航事故时有发生。
1950年治淮开始。秋末，华东工业部建筑工程公司用挖泥船在桥口段清淤挖浅。1955年3月，方家坎浅滩水位海拔15.75米，水深0.85米，水面宽210米，流量168立方米/秒，直接影响通航。至1958年航运部门对境内的6处浅滩和绵羊石、黑龙潭两处的暗礁先后进行清除，使百吨级以上的船舶畅通无阻。1964年治淮委员会勘测设计院航运组对超河进行多次清障、疏通、拓宽之后，该段便由单向航道变为双向通航的主航道。
1960年淮河蚌埠闸建成，淮河凤台段成为渠化航道，水位受蚌埠闸控制，闸上最低水位为海拔15.50米时，凤台段航道水深2.30米以上，航槽底宽大于60米，曲率半径700米、河面宽500至1000米。可常年通航500吨级轮船。
西淝河凤台段
西淝河是淮河的支流，发源于河南省鹿邑县，经阚疃集流入县境，沿杨村、张集至硖山口的禹王山后入淮，境内长37公里。明万历二年(1574年)寿州知州郑王充督吏目彭希寿监工开引新河，将原经禹山前董峰湖(现名东风湖)内至石湾村前入淮的河段，移于硖石口下入淮，以分水势，使该航道缩短3公里。清末民初，该航道较为稳定，河岸平坦，每年6至9月间高水位时，纳水1米的木帆船可自高公庙以下畅通无阻。一般水位5吨级的船舶可上抵阚疃集；枯水季节，张集至顾桥仍可通航。
民国27年(1938年)始，黄泛9年，由于引黄入淝，致该河淤积严重，平均淤深达2.5米，有的河段几乎成平陆，杨村以上断航。因淮水常年顶托倒灌，西淝河入淮口一段淤积更深，河槽高与岸平，将上游来水拦蓄于姬沟湖、岳家滩、花家湖、汊王嘴一带，仅张集以下航段在枯水位时，尚能保持水深1米左右，可通行5吨级以下的木船。
1951年在修筑淮北干堤的同时，于唐郢村东南200米处的西淝河新引河上修建了防洪闸，引河闸上底宽60米，闸的泄洪量为300立方米/秒，最低控制水位达1.65米，将弯曲的入淮水道取直。经过疏通后的西淝河航道，最浅水深达1.50米以上，可常年通航50吨级轮驳船。同年冬，由阜阳地区集中凤、蒙、涡3县民工对西淝河自瓦寺以下河段进行综合治理，1952年6月竣工。航槽底宽30至60米、底高16.70至13.50米、水深3.25米，可通航150吨级轮驳船。直至1857年冬，境内可通航。1974年至1985年间，先后在老闸北250米处扩建新闸，开挖长1.5公里、底宽54米的内引河，以弥补老闸设计流量偏小的不足；并由国家投资1万元，清理了花家湖、汤店孜、米窑3处浅滩，保持常年通航。
港河凤台段
旧称湿泥河，是西淝河的支流。发源于蒙城县西南高隍庙附近，上游名狮子沟，杜桥以下始称港河。入境后，经尚唐、马店、清泉、顾桥到李嘴孜东注入西淝河，境内长30公里。清末民初，一般水位可通航至顾桥，汛期高水位可通往清泉、马店。民国36年(1947年)因黄泛影响，河槽全部被淤平，枯水断航。1952年冬至1953年春，列入治淮工程进行全面疏通。下游自李嘴孜至港河汊以上开挖新航道，底宽42至49米、底高海拔14.70米(下游)，上游加深、拓宽直达发源地。经过治理，港河航道可畅通5吨级以上的木船。1955年兴建淝左堤并建港河闸一座，截断了港河的航道，闸下通航，上游断航。
茨淮新河凤台段
茨淮新河是一条综合利用的人工开挖的河道。上自阜阳茨河铺承接颍河，下至怀远县的荆山南截茨入淮，全长132.24公里。凤台段上自尚塘乡的宋台孜，向东至武集乡的朱圩孜，长37公里。于1970年冬动工，至1977年春竣工。河底最宽处250米，最窄为178.50米，底高海拔17米至15米之间，并设有助航标志。1981年5月，全线通航，河道顺直，断面规则，曲率半径均大于1200米，并设有节制闸控制水位，可通航300吨级，航道枯水季节水深1.50米以上。
永幸新河
为境内人工开挖的排灌、航运综合利用的河道。上自尚塘，下至凤台第一中学后侧500米处，由永幸新河大闸入淮。流经马店、顾桥、桂集、城郊4区10乡，长43公里。早期工程始于1958年，1976年全线竣工通航。河面宽30至40米，永幸闸最低控制水位海拔16.50米，河道水深4至6.50米，可常年通航60至80吨级船舶。
架河、泥河
架河发源于境内古店乡邵集村东南，经古店至顾桥转南，由丁集东、清明孤堆西、刘巴集东、扁担张村西南转东至小黄岗村前黄沟口入淮，长30公里。民国26年(1937年)尚能通航至芦集、丁集。黄泛后，河道淤塞严重，但汛期仍可通航。1949年冬至1950年春，县组织民工2890余人，疏导陈大桥以东、芦集以南至黄沟口8公里的河道，底宽10米、深3米，正常水位可通航5吨级左右的木船。1951年淮北干堤建成，架河航道阻断。1952年春，在修建架河闸的同时，开挖陈大桥以东河段3.7公里。1956年冬又将刘巴集以上河段疏浚至关店乡的小周庄前，下接老犍套，后就以此处(周庄)为架河起点，但不再通航。
泥河(东泥河)发源于县境米集孜西，东流至界沟集的赵圃孜，转向东南至孙庄村东北角，穿过裔沟，经李庙、东刘魏桥进入潘集区，境内长25公里，为季节性河道。下游原可通航至刘隆集，高水位可达潘集。民国21年(1932年)，在修筑汤渔湖淮堤时，因无通航设备而断航，同时由县政府集资组织民工对河道进行一次疏通，仅供内地航运，载量不超过5吨级船舶。1954年至1956年由治淮总队先后疏浚米集孜至界沟、刘隆集一段，均为排涝工程。无通航设施，直到1985年仍不通航。