1956年7月，在县卫生院卫生防疫股的基础上，成立凤台县卫生防疫站，负责全县卫生防疫工作，隶属于县卫生科。站址在城关淮河路，有房屋12间，业务人员8人。次年，省卫生厅分配检验员1名，并配显微镜1台及部分器械试剂，开展寄生虫病调查。1958年，卫生防疫站迁至卫生科院内，内设卫生组、防疫组、检验室，人员12人，其中卫生技术人员8人。至1966年，人员发展到17人，其中卫生技术人员14人。1974年5月，迁至卫生局办公楼办公。至1981年，人员增加到30人，其中卫生技术人员24人。内设防疫科、卫生科、地方病防治科(均为股级，下同)。次年11月，被明确为公司级单位，内设办公室、检验科，人员31人，其中卫生技术人员29人。1985年，增设食品卫生科、结核病防治科，共有6科1室，人员42人，其中卫生技术人员36人。当年，在宿舍区拆旧房兴建卫生防疫站综合大楼5层1913平方米。