一、港监管理
1990年3月，对萧濉新河航道23公里清除鱼网。在尚河桥、前岭煤矿铁路桥、古饶桥3处设简易桥涵标。市政府发布《关于保护萧濉新河航道的通告》。4月1日，青龙山港举行通航典礼，参加仪式的千吨级拖队、挂浆机经过现场监督检查，量取干舷，所有船舶均符合航行标准，签证同意行驶。从此，进出辖区港的船舶签证工作正常开展。1991年4月18日，依据1986年12月16日国务院发布的《中华人民共和国内河交通安全管理条例》，组织50名船员技术培训，学习了《中华人民共和国内河交通安全管理条例》、《内河避碰规则》、《船舶操纵》等知识，通过理论考试和实际操作考核，颁发46名船员船舶驾驶证。4至6月，进行第二次船员年审。8月29日开始，对辖区萧濉新河上的7道渡口、浍河上的13道渡口进行全面检查，提出不安全的隐患和改进措施，拟定贯彻《安徽省渡口管理试行办法》的意见。1992年元月，开展“安全月”活动，进行安全教育，结合水上交通安全“四项整顿”，增强船民安全意识，顺利通过安徽省港航监督部门的验收。
二、船检管理
1990年8月10日，由宿县地区航运局代管的濉溪水上运输队的25艘挂机船，转户至市港航监督船舶检验处管理。8月13至18日，对船体结构、航行设备、救生设备、轮机等部件进行全面检验，丈量核实吨位，勘划船舶载重线，合格的19艘，颁发了船舶检验证书和航行证书。不合格6艘船只，限期配齐救生、消防设备。1991年10月，濉溪县航运公司购进水泥船6艘申请入户，船检处检审部件，测量船的长度、宽度和深度，确定船舶的载重吨位、总吨位、净吨位，认定安全系数和质量等级，履行手续，建立档案，颁发证书。
三、货运管理
1954年，临涣民船加入固镇航运管理站，组成船队，承担浍河沿岸物资运输。1960年8月8日，濉溪县成立航运站，辖航运队3个分队，1968年，濉溪县航运站撤销，航运队解散，个体船民入外籍运输。1990年8月，办理由宿县地区航运局代管的市境船舶转户工作，经审验发给运输许可证和营业运输证。是月，按5月10日省物价局、交通厅关于调整水运价格的通知规定标准，依法计征各项税、费。9月，依据国务院发布的《中华人民共和国水路运输管理条例》，对全市营运船舶进行年审，审验船舶25艘，发单船许可证、营运证各25册，以后每年度一次。1991年4月，按省航运局关于换发新的船舶许可证、营运证的布署，对全市营运船舶全部进行更换新证。1991年5月，落实交通部1987年9月22日发布的《水路运输管理条例实施细则》通知精神，水路运输计划管理实行分级综合平衡和市场调节相结合，每月下旬参加省航运局召开的月度平衡会，按计划组织运输。11月8日，经转报申请长江航务管理局批准，濉溪县航运公司正式开业。1992年10月15日，对全市水路运输经营行为整顿治理结束。
四、票证管理
1986年8月12日，省交通厅下发《安徽省水路运输票证、规费报解管理办法》，规定实行统一领导，分级管理。1990年3月，经省航运局协调，应萧濉新河航道通航急需，向宿县地区航运局借领水路运输发票、船舶检验费收据、收款收据、停泊费收据、水费收据，使用后由宿县地区航运局核销。7月，由市税务局监制、市航管处印制的票证有水路运输货票、停泊费收据、货物保管费收据、港口装卸费收据、船舶检验费收据，并由市航管处进行保管、发放、使用、核销。水费收据仍向宿县地区水利局领用、结算。1992年1月12日，省转发国家交通部、财政部、物价局关于《内河航道养护费征收和使用办法》的通知，航养费统缴证和单船缴讫证向省航道局领取，按营运船舶运费的8%计征，月底解缴省航道局。6月，省交通厅印发《安徽省水路运输、港航管理票证及规费报解管理办法》，原票据停用，重新报请市税务局监制，市航管处印制营业性水路运输货票、货物堆存费收据。行政事业性收据则向省航运局领用：水路运输管理费，单船按定额0.8元/吨·月，拖队每航次按运费的2%征收。港口停泊费，货驳0.1元/吨。船舶检验费，收费按20%比例解缴。货物附加费实行缴讫证制度，航管部门征收，逐级划转。