民国18年（1929年）9月，国民政府在“剿共”中颁布《清乡条例》，明令各省限期施行保甲制度。至民国21年，蚌埠划为凤阳县第七区，辖69个保，合组8联保，有708甲。是年，依据《鄂豫皖三省剿匪总司令部施行保甲训令》，编组以户为单位，设户长；10户为1甲，设甲长；10甲为1保，设保长。民国23年，规定保甲组织实行“教、养、卫”并重原则（后“教”字前增加一“管”字），各保办事机构设民政、警卫、经济、文化干事各1人，主要强制民众承担各项义务，摊派各种苛捐杂税，并配合组织民团、壮丁队等。保甲组织实行联保连坐法。联保即联合作保，共具保结；连坐即一家有罪，九家举发，十家连带坐罪。民国24年，蚌埠与凤阳县三铺并为该县第二区，辖120个保，合组10联保，有1232甲。至沦陷后，改实行坊保甲制。
抗日战争胜利后，蚌埠仍为凤阳县第二区，将日伪时期的坊保甲制改为乡镇保甲制。民国35年1月，市政筹备处接管市区行政，依照国民政府规定，将原接管乡镇撤销，改为实行区保甲制，即市下设区，区下设保，保下设甲。每甲不少于10户，不多于30户；每保不少于10甲，不多于30甲；每区不少于10保，不多于30保。区设区公所，保、甲设办事处。按此原则，对原保甲组织简化，自6月进行整编，于7月全部完成，共划分为5区（东安、国庆、中山、西市、小蚌埠）97保，有1834甲，辖41566户226690人。至民国36年，增加1个保，共98保，1887甲。此期，各保设有保长、副保长、保干事、户管员，各甲设甲长1人。保甲组织负责清查户口，教诫住户不得违法，摊派壮丁及捐税，组织国民训练等。
民国38年1月解放时，5个区共66个保，1429个甲，含45186户，218000余人。至6月，保甲组织被废除。