直属于地区农牧渔业局的共有三个良种繁殖场：
一、地区新马桥良种场
1958年建场，座落在固镇县新马桥车站以南的铁路西侧，是以生产小麦、大豆良种为主业的机械化程度较高的良种场。现有土地4 000亩，职工320人，场房11 200平方米，其中种子仓库2700平方米、晒场4 000平方米，拥有汽车2辆、拖拉机7台、收割机3台，播种机4台、种子精选机5台，固定资产67.9万元，流动资金27.2万元。全场共分四个生产队，一个科研队和一个机械队，一个面粉厂、一个酱园厂、一个水泥构件厂。
建场后，50年代至60年代初期，为农垦性质，主要从事一般性生产，兼搞少量良种。1963年国家下达农作物良种示范繁殖条例以后，虽然主要任务转入生产良种，但因受物质技术条件的限制和左的路线干扰，对国家的贡献仍然较少。党的十一届三中全会以后，实行承包责任制和场长负责制，增加投入，搞好农田基本建设，走扩种绿肥，以地养地相结合的路子，认真贯彻“一业为主，多种经营”的方针，积极推广农业新技术，加强企业管理，生产迅速得到发展，积累增多，贡献也越来越大。1987年生产良种336万斤，其中小麦良种220万斤，大豆良种116万斤，比1978年良种生产总量60万斤增加276万斤，增长4.6倍，获得纯利润10.7万元，比1978年增加14.9万元。
二、地区新马桥棉花良种场
1979年前为省办棉场，属省农牧渔业厅领导，由于制度不健全，管理比较混乱，产量水平低，经济上亏损现象严重（1979年亏损额5.7万元）。1979年管理权限下放，同年6月宿县地区农牧渔业局接收以后，进行组织整顿，调整了领导班子，建立健全各项规章制度，并从1983年开始推行联产承包责任制，采取棉粮轮作，扩种绿肥，改土培肥，兴修农田水利，推广使用新品种、新农药、新技术等措施，继1984年扭转长期亏损的局面以后，1987年棉花总产量1.8万斤，平均亩产120斤，粮食总产72.2万斤，亩产460斤，提供棉花良种3万斤，小麦良种21万斤，获得利润0.99万元，与1978年相比，棉花亩产增加92.5斤，粮食亩产增加200斤，提供棉花、小麦良种增加11万斤。
该场现有职工94人，耕地1 000亩，仓库785平方米，晒场5 000平方米，宿舍和其它房屋5 340平方米，拥有拖拉机3台，收割机2台，棉花轧花机一套，固定资产47.6万元，有流动资金12.3万元，生产、职工生活和场貌在继续发展。
三、紫芦湖良种场
1962年建场，现有职工34人，耕地500亩，仓库296平方米，宿舍和其它场房1 345平方米，拥有拖拉机2台，收割机1台。固定资产价值6.4万元。该场，原属地区水利局和安徽农学院管辖，系一般性的生产农场，农作物产量水平低，年年亏损，场貌落后。1985年地区水利局移交地区农牧渔业局接收后，认真进行组织整顿，调整充实了领导班子，建立健全各项规章制度，实行联产承包责任制。到1987年粮食总产量达到12万斤，亩均单产300斤，生产小麦良种9.6万斤，获得利润0.5万元，比1985年增长4倍。