本区水库主要分布萧县、灵璧和宿县北部地区，均为本世纪50年代至70年代所建。规模较大的有萧县的马庄水库、新庄水库、永堌水库、故黄河蓄水工程，宿县的五柳水库、梁套水库、镇町水库、长山套水库、张楼水库、灵璧县的洪山水库、灵山水库、卧龙李水库、茅山水库、九顶水库、马山水库等。
一、永堌水库
在“大跃进”的1958年，为了蓄水改种水稻，萧县县政府决定于当年3月利用永堌湖修筑永堌水库。8月竣工，1976年废旧坝垒新坝，开山挖渠，计划东调倒流河水，将永堌水库的蓄水量扩大到1 800万立方米，结果新坝未筑成旧坝被破坏，该库原蓄水面积15.2平方公里，防洪库容160万立方米，兴利库容240万立方米，坝顶高度56.2米，最大坝高18米，坝长732米，溢洪道设计量23.8立方米／秒。设计灌溉面积1.35万亩，有效灌溉面积3500亩，旱涝保收面积3 000亩，其中稳产、高产2 500亩，经1981年重新修整后效益仍差，现趋于毁废。
二、新庄水库
新庄水库建于1959年4月，当年12月竣工，完成投资7.7万元。该水库位于萧县新庄境内为引黄平原水库，控制范围，西自砀山县二坝，东至新庄北引黄沟口，南北皆以黄河故堤为界，流域全长23公里，宽8.5公里，自然比降约万分之一，水库集水面积80平方公里，其中本区砀山和江苏丰县27平方公里，萧县境内53平方公里，水库先后修挡水大坝长3 400米。水库主要引黄控制工程和配套工程，标准低，防法和灌溉效益均未达到设计标准，原设计防洪能力为百年一遇，相应最高蓄水位45.35米，库容2 100万立方米，目前，因洪泄设施和挡水大坝标准低，最高蓄洪水位只能达43米，库容1 460万立方米，仅能抗御十年一遇洪水。
三、马庄水库
马庄水库建于1959年12月，主要控制东倒流河山水，缓解奎濉河的洪涝压力。设计总库容为205万立方米，其中防洪库容100万立方米。坝顶高度65.2米，最大坝高3.7米，坝长950米，设计流量296立方米／秒，设计灌溉面积7 800亩，有效灌溉面积2 000亩，旱涝保收面保积2 000亩。后因管理不善，水库今己毁废。
四、故黄河蓄水工程
逶迤于砀山、萧县北部的故黄河大堤，大多高于堤外5至9米，并且有的地段宽达10余公里，每当汛期来临，暴雨形成的经流下溢，常常造成洪汛，遇久旱则无水灌溉。为了解决这一矛盾，萧县于1975年底动员民工30余万人，动员兴建故黄河蓄水工程。该工程由两个部分组成，在故道上端以新庄水库为中心，分别配闸坝，溢洪道（程）和三座电灌站，全长14.5公里，河底宽220米。该工程为中型匀质土坝，位于萧县黄口、新庄、杨楼境内。控制来水面积188平方公里。设计总库容为3 200万立方米，兴利库容2 000万立方米，防洪库容1 200万立方米，设计防洪标准20年一遇，除涝标准为5年一遇，灌溉蓄水位42.5米，坝顶高程45米，最大坝高3.3米，坝顶宽10米，坝长4100米，采用粘土铺盖，斜墙防渗，下源坝址贴坡排水，溢洪道设计流量为175立方米／秒，控制闸四孔，每孔四米，设计灌溉面积6万亩，实际达到了30 000亩，旱涝保收面积2.5万亩，其中稳产高产为2万亩，工程总投资45.7万元，1976年至1981年，先后在陈庄、巩楼、老杜庄建设165千瓦电力排涝站三座。
五、五柳水库
五柳水库位于宿县夹沟区五柳乡。该水库始建于1958年，竣工于1971年。总库容210万立方米，设计效益0.8万亩，实际达到0.4万亩，可供养殖水面400亩，历年国家投资1.4万元，社队自筹20万元。
六、粱套水库
梁套水库位于宿县苻离集乡梁套村。1958年春动工，年底完成。最大坝高10米，大坝长度1 160米，总库容360万立方米，设计效益1.0万亩，实际达到0.3万亩，可供养殖水面600亩，历年国家投资3.1万元，社队自筹10万元。
七、镇町水库
镇町水库位于宿县夹沟镇町寺，始建于1958年，竣工于1971年，总库容200万立方米，最大坝高7.2米，坝长1 200米，设计效益一万亩，实际达0.4万亩，可养殖水面300亩，历年国家投资7万元，社队自筹20万元，该水库西侧有闻名的可泉水终年流入库内。