建国初期，本区环境质量尚好，随着工业的发展，环境保护工作没有相应跟上，因而出现了环境污染并日益恶化，环境生态平衡系统逐渐受到破坏。
1980年，行署批准成立了地区环境保护办公室，各县、市亦成立了相应的环境保护机构。环保办公室会同有关部门，制定了本地区近期和远期环境治理规划，重点抓了工业“三废”治理和水环境治理。从1980年至1985年，全区用于工业“三废”治理的费用371.6万元。并对一些经济效益低，污染严重的工厂实行了关、停、并、转。1985年，全区征收排污费18.4万元，1986年征收39.5万元，1987年征收75.2万元。
一、工业“三废”的治理
1985年，全区排放工业废水3843.05万吨，平均日排废水10.46万吨，经处理的废水239.05万吨，占6.62％。1986年，排放工业废水3625.97万吨，经过处理的197万吨，只占6％。
全区年排放工业燃料废气和生产工艺废气181 971.86万标立方米，经处理的工业废气总量为7 031.4万标立方米，处理率仅为3.9％，锅炉消烟除尘配套措施不足30％。
工业废气主要分布在化工行业和煤炭开采业，治理方式主要是化肥厂、磷肥厂的废气口收工程，如泗县磷肥厂，于1985年投资13万元，兴建氟吸生产车间，采用螺旋喷射吸收装置回收废气年产200吨氟硅酸钠，盈利10万余元，一年接近收回全部投资，采取此项治理措施后，厂内氟气净化率达98％以上，废水净化率95％以上，每小时氟气排放量低于国家规定的标准。
宿县地区工业废渣主要有煤矸石、炉渣、赤泥、粉尘、工业垃圾等，年排放量163.49万吨，综合利用率42.8％，如朱仙庄煤矿将煤矸石出售作建筑材料，年利用量达235 230吨，利润2.7万元；芦岭煤矿综合利用煤矸石，年产值二万多元；宿县化肥二厂综合利用煤渣及粉煤灰，年产值一万元，利润0.6万元。
1986年，全区工业废渣综合利用量45.72万吨。
二、水环境污染及其治理
70年代以来，本区工业对水体污染日趋严重，如宿州市的环城河、沱河，砀城的环城河、利民河，萧县的龙河，灵璧县的界河、新河等，原本清澈澄碧的河流已变得逐年窄浅，河道淤塞，鱼虾难存，有的河段水流发黑，含有多种有害的化学物质。特别是奎濉河水质的污染实为宿县地区水域污染危害范围最大的污染河道。奎河发源于江苏省徐州市，于宿县境内汇入濉河，故称奎濉河，是跨越苏皖两省的边界河道，该河流经我区宿县、灵璧、泗县，经江苏泗洪注入洪泽湖，在本区境内124公里，流域面积2705平方公里。自70年代以来，江苏省徐州市124家工厂和24万居民将大量废水、污水排入奎河，日排放量九万多吨，致使河水发臭，危害严重。沿河两岸地下水质有机物污染也较为严重。据宿、灵、泗三个县不完全统计，近10年来，有1956人患癌症，占总人数的1.2％，高于其他地区，死于肝癌、胃癌、肠癌的有652人。由于河水严重污染，沿河119个机电排灌站全部关闭。1987年，国家有关部门会同苏、皖两省经过协商，已落实两岸居民吃水打井费用170万元。
宿州市护城河的污染为该市较大的公害，为根治该河的污染，宿州市有关部门经过详细的调查论证，确定治理环城河分两步进行，近期实行“截流疏导、清污分流”，远期建造污水处理厂进行净化处理。1986年己实现第一步治理规划。