萧县属于暖温带夏绿林带，森林植被属于暖温带落叶阔叶林带南部边缘，因人为长期破坏，森林环境消失，原始植被已被栽培植被所代替，现在仅东南山区的皇藏峪尚存小片次生落叶阔叶林。该地为东北向的山谷，形成湿润的小气候。主要树种有青檀、栓皮栎、五角枫、黄檀、风杨、八角枫、山槐、黄连木等，灌木有鸡麻、卫茅、山胡椒等。草本有虎掌、半夏、兔儿伞、透骨草、阴行草、圆叶黎等。林木集中分布在中下部的谷底，形成比较高大茂密的森林。其中青檀林的覆盖度最大，约80%左右，还有罕见的小叶女贞、银杏、木樨等常绿灌木。
在本县低山丘陵上，除建国后陆续栽植的松柏等新幼林外还生长着灌木和草本植物，常见的有酸枣、黄荆条、算盘子、茅梅、枸杞等；草木则以自茅、红草、荩草、野古草最多，还有石榴、杏、柿、板栗、樱桃等栽培的树种。
平原地区的自然植被只见于地边、路旁生长的茅草、索索草、扒根草、刺刺牙、扁扁草、灰灰菜等。其余皆为人工栽培植被，有栽植的法桐、泡桐、大官杨、柳树、腊条等林网；有零星栽植的柳、杨、榆、椿、楝、槐；还有成片的苹果、葡萄、梨、桃等经济林木。共有树种资源53科，200多种，其中被子植物49科，约185种，裸子植物4科，15种。由于成林面积小，覆盖度很低，1984年全县森林覆盖率仅为8.3%，相当于全省1962年8.2%的平均水平，低于1983年全省平均15%的水平。
在本县各地，尚育一些古树存在：
皇藏峪瑞云寺有雄银杏、雌银杏、金桂、古桧、小叶黄杨各一株，庙前有数十株胸径在一米左右的青檀；尠沟寺有银杏一株；天门寺院内有银杏一株；圣泉寺内有古柏四株，庙外有小叶朴一株；县城黉学有古柏一株；五眼泉白云寺、纵庄、岱山口奶奶庙、五里寺各有唐槐一株。