地表水
据萧城、张庄寨、罗王庄三站1950—1980年实测资料统计，本县31年年平均降水总量为15.03亿立方米，占全省降水总量1600亿立方米的0.94%，最大年降水量为1963年的24.56亿立方米，最小年降水总量为1966年的11.6亿立方米，仅占全省降水量的0.7%，而面积占全省的1.33%。
全县人均占有地表水374立方米，亩均250立方米，占全国人均2630立方米的13.8%，亩均1301立米的11.5%，占全省人均1283立方米的25.6%，占宿县地区人均550立方米的80%。
萧县河流大部分流入萧濉新河，小部分流入王引河，连同上游地区汇入总面积511.8平方公里，其中砀山县汇入本县集水面积244.2平方公里，铜山县汇入集水面积108.9平方公里，永城汇入集水面积56.6平方公里，丰县汇入集水面积19.0平方公里，淮北汇入集水面积66.0平方公里，濉溪汇入集水面积15.0平方公里，宿县汇入集水面积2.1平方公里，本县境内集水面积1861.1平方公里，汇入萧濉新河的集水面积1509.7平方公里，全年径流总量2.84亿立方米，占全省河川径流总量的0.46%，径流深174.9mm，径流系数0.21，最丰水年7.03亿立方米，最枯水年0.9亿立方米。
径流量年际变化表
单位：亿立方米

地下水
静储量：
按深5M—40M，41M—100M含水层的水量分区估计：黄河故滩5M—40M的静储量为17.4亿立方米；40M—100M的静储量为2.5亿立方米；高滩以南至大吴集以北5M—40M的静储量为8.1亿立方米；41M—100M的静储量为7.3亿立方米，大吴集以南5M—40M的静储量为9.3亿立方米；41M—100M的静储量为6.9亿立方米。
动储量5M—40M的储量不超过3万立方米，41M—100M的储量为4.3万立方米。
调节储量平原区为24.4万立方米／平方公里，折合3.39亿立方米。
开采储量：
平原区（包括废黄河）正常年开采储量为2.88亿立方米，相当于全省地下水潜在开采资源的1.8%，最丰水年为5.07亿立方米，偏丰水年为4.07亿立方米，平水年2.09亿立方米，偏旱年1.70亿立方米，最旱年0.83亿立方米。枯水年灌溉定额为280立方米／亩，平水年为160立方米／亩。按80%的保证率计算，典型年地下水开采利用量为1.6亿立方米；按50%保证率计算，地下水开采利用量为9140万立方米，本县地下水资源较丰富。
地下水资源虽然丰富，但过量开采也将发生困难，本县与淮北市接壤的丁楼、双楼两乡，近年来人畜饮水发生了困难，就是由于淮北市过量开采地下水引起的。淮北市生活及工业用水主要靠开采岩溶水，日开采量高达28万吨，以致周围地下水位急骤下降，靠市区的丁楼、双楼两乡，一遇旱情，20米深的手压井压不出水，40米深的机井提不出水来，造成两个乡40个自然村的14457人，6918头牲畜缺水，其中29个自然村的11870人、5744头牲畜严重缺。水。据水文地质科技人员勘测，只有开采150米至250米的地下深水，才能解决问题。水质
河流、水库取水样10个，井水取样19个，化验结果是：
龙河：从丁里闸、郝店桥北口取水样两个酸碱度（PH）为7.91和7.48。属弱碱性，氯76.6和101，碳酸盐为581和708，矿化度为27.6毫克当量／升和29.8毫克当量／升，总硬度（德国度）17.6H°和19.7H°毫克／升，均为硬水。含砷量超过标准150倍，离子总量为1060和1160，河水色黑味臭，污染严重，系化肥厂、磷肥厂、葡萄酒罐头联合公司大量废水排污所造成。
大沙河：从红庙、孙庄闸取水样两个，酸碱度为9—9.5，为强碱水，此水久灌良田，将使土壤碱化。
闸河：酸碱度为7.77，酚0.011，超过标准5.5倍。总硬度17.3H°，属硬水。
萧濉新河：于贾窝闸取水样，酸碱度高达9.45。
废黄河：酸碱度8.56。
新庄水库：酸碱度8.85。
永堌水库：酸碱度8.36，酚0.004，总硬度8.16H°，为软水。
地下水为淡水，埋藏浅，污染轻，水质好，以重碳酸盐为主，酸盐适中，PH值在7—8之间，水温16—18℃，矿化度小于1克／升，适于灌溉和饮用。赵庄、杨楼、黄口大部分井水氟的含量高，常期饮用可使人的牙齿发黄。
地面水质除倒流河、闸河外，其余均存在碱度过高的通病，灌溉农田易于返碱。
矿泉水
县城南5里，萧县中学院内有一口深井，此井水为优质矿泉水，已在北京通过国家级技术鉴定，属含锶和偏硅酸的重碳酸——钙型矿泉水。地质矿产部、轻工部、中国预防医学科学院、中国矿业大学等有关方面的专家、教授一致认为，这个矿泉水的微生物、放射性指标符合国家有关规定，水质感官良好，未受污染，动态稳定，可作为瓶装矿泉水开发。