根据果树资源普查统计，按照植物分类学，全县计有10个科，31个种：
一、银杏科：银杏。
二、胡桃科：核桃。
三、山毛棒科：板栗。
四、桑科：无花果、白桑。
五、蔷薇科：毛桃、桃、蟠桃、油桃，山杏、杏、樱桃、木瓜、野山楂、山楂，大花草莓、花红、山荆子、河南海棠、苹果、杜梨、白梨、洋梨、砂梨。
六、芸香科：枸桔。
七、鼠李科：李。
八、葡萄科：葡萄、野葡萄。
九、石榴科：石榴。
十、柿科：柿、君迁子。
其中主要栽培树种以苹果、梨、葡萄为多，其次是桃、杏、石榴、山楂、柿、樱桃、李、枣、核桃等。野生果树主要有酸枣、毛桃、杜梨、君迁子等。
建国以来，本县果树树种的组成发生了很大变化，各类树种面积占总面积的百分比例变化情况如下表：

主要树种组成的变化说明：
一、本县果树栽培，在建国前后的一段时间，侧重于荒山坡地的利用，主要发展适宜上山的杏、石榴、柿子等，直至1957年面积仍占50%以上；其次是侧重于沙碱地的利用，酥梨的比重始终居第2位。
二、建国后果树发展的重大转变，是由先荒山坡地后平原沙地，转向先平原沙地后荒山坡地,苹果、梨的比重已上升到60%以上。
三、由以乡土果树为主，转向以引进果树为主，苹果从无到有，已跃居首位，而杏、桃、石榴的比重渐趋下降，柿子从1951年的2728亩下降到343亩。
四、1981年后，实行联产承包责任制，农民有了经营的自主权，迅速发展起经过品种改良的乡土果树，如葡萄、黄白桃、巴斗杏、李、山楂等。而这些水果又是当前果品加工业及市场急需的紧俏商品。从目前的果树生产形势来看，本县已基本上形成多树种多品种的水果商品生产基地。
36年来，果树品种资源演变情况是：
全县5种树种，共163个品种，其中苹果36个，梨31个，葡萄50个，桃30个，杏16个。如下表：

水果品种演变情况是：
苹果：向色泽鲜艳、优质、丰产，中晚熟而又抗病的方向发展。
梨：酥梨从建国后至今仍居于首位，马蹄黄居第二位，鹅黄、鸡爪黄逐渐减少，适宜做罐头的巴梨有所发展。
葡萄：葡萄品种从生食向酿造为主的方向发展，酿造品种也由单一红色发展为红白两个品种。五十年代以前，曾先后引入了8个品种，后逐步淘汰，到1957年，玫瑰香葡萄为主要栽培品种，占葡萄总面积的96%，其他品种只是零星栽培于个别产区。
果树的分布现状是：
黄河故高堤苹果、梨、葡萄区，包括杨楼区全部及黄口、马井两区的大部，圣泉区的小部分。这一地区1985年果树面积35338亩，占全县果树面积的34.2%，果品产量1929.1万斤，占全县总产量的49.2%，居全县之冠，搭配品种以桃为主，另有杏、柿、李、山楂等。
沙河平原梨、苹果区，包括黄口镇的南部，赵庄区的东部，马井区的西南部，历史上是著名的酥梨产地，保存下来的老梨树2000余亩。建国后，除梨树有较大发展外，苹果和葡萄发展尤快。桃作为主要搭配树种，这一果区1985年果树面积24980亩，占全县果树面积的24.2%，果品产量730.6万斤，占全县总产量的18.6%。
西南平原河岸罐桃区，包括淮海区的全部及赵庄区、王寨区的大部和龙城镇、祖楼区的一部，本果区历史上果树多零散栽培，没有形成较集中的产区，建国后发展较快。1985年有果树14963亩，占全县果树面积的14.5%，果品产量330万斤，占全县的8.4%。
东南丘陵干鲜果区，包括皇藏、丁里两区及龙城镇的大部，王寨、祖楼沿山10个行政村，此区曾是多种果树的集中产地，著名的萧县玫瑰香葡萄位于闸河平原，杏、柿、石榴、樱桃也栽培较多，1985年果树面积28059亩，占全县果树面积的27.1%，果品产量932.3万斤，占全县总产量的23.8%。