新中国成立后，13个区先后建立了区卫生所，国家给予财政资助。1956年本县分为8个区，均设有卫生所，共有职工89人，其中医护人员65名，病床56张。1958年9月建立人民公社，随将区卫生所改为公社卫生院，计22所。1961年底恢复8个区级机构，公社划小，相应建立8个区医院，64个公社医院。1969年撤区并社后，设25个公社医院，1980年再次改变行政区划，撤销了大公社，成立了9个区、两个镇、70个公社，相应建立了区镇社医院。1984年，又调整行政区划，设3个标准镇、10个区、70个乡，4个办事处。卫生系统也相应作了调整，全县设5个中心医院，8个区镇卫生院，59个乡卫生所。中心卫生院是：黄口镇卫生院、杨楼镇卫生院、王寨区卫生院、淮海区卫生院、皇藏区卫生院。区镇卫生院是：龙城镇卫生院、赵庄区卫生院、丁里区卫生院、马井区卫生院、新庄区卫生院、圣泉区卫生院、大屯区卫生院、祖楼区卫生院。除区镇所在地不设乡级卫生院外，基本上一乡一所，全县50所。
区镇乡卫生院（所）的医护人员原本是联合诊所人员，后陆续分配一批大中专毕业生，技术力量逐步加强，大多能处理常见病、多发病、抢救急性病人，及做下腹部手术。同时承担农村卫生防疫、计划生育和妇幼保健的服务和指导业务。1978年后，各区镇卫生院增添了仪器设备，培训技术力量，建立健全规章制度。其中黄口镇卫生院和龙城镇卫生院的技术力量较强，一般设备齐全，能处理一些疑难病症。
1985年全县区镇乡卫生院（所）器械设备概况

六十年代以后，一些较大的企事业单位都设立医务室。较好的有毛郢孜煤矿、葡萄酒罐头联合公司等单位的医务室（医院）。医务室以治疗常见病、多发病、抢救急性病人及工伤人员和除害灭病为主，并向有关部门提供职工和师生的健康状况资料。
目前，本县各系统办的医务室（医院）有：文教系统11处：萧县师范、梅村中学、萧城中学、萧城二中、萧城三中、黄口中学、王寨中学、赵庄中学、永堌中学、马井中学、张庄寨中学。农林系统6处：凤凰山林场、永堌林场、皇藏峪林场、东阁园艺厂、岱河园艺场、黄河故道园艺厂。经委系统14处：葡萄酒罐头联合公司及所属5个园艺场、化肥厂、水泥厂、耐火材料厂、瓷厂、磷肥厂、印刷厂、萧县农机一厂、农机二厂。工轻系统3处：针织厂、砖瓦厂、建造厂。