一、中医
建国前，阜南境内医疗工作主要依靠中医人员，其中有医术高明、受人尊敬的名医，也有针灸、拔火罐的郎中。中医大都是个体开业，有的在集镇上开设药铺，行医兼卖药。多数中医以出诊为主，少数坐门等诊。
建国后，党和政府很关心中医，在“团结新老中医”的方针指导下，对中医进行培养教育。1954年12月，阜南县召开第一次中医座谈会，有110名中医师参加会议，县银行贷款10.3万元以扶持中医。1955年3月，召开全县中医座谈会，出席128人。同年6月，阜南县医院设中医科。
1956年秋，阜南县举办针炙训练班，培训学员61名。1958年，县办中医进修班，学制6个月，培训学员23名。1959年全县29名老中医参加到县、区医疗机构工作，并成立阜南县中医研究学会，收集中医单方、验方、秘方2780件，精选1290个方剂，整理汇编成书。同年，阜南县成立西医学中医领导小组，全县参加学习的528人，参加函授学习的200余人，迭省进修中医的24人。
1979年以后，阜南县中医科业务开展的有内科、儿科、妇科、骨科、外科、针灸、按摩、理疗。中医学术理论也逐步发展，1982—1985年，阜南县中医学术论文在省级医学刊物上发表7篇，在地、县级刊物上发表5篇。其中，魏文忠《话三例灰苔舌的临床体会》，1981年在阜阳地区中医学术研讨会上交流后，在《陕西中医》上发表，张明月《加味阳和汤治疗血栓闭塞性脉管炎20例介绍》，1982年在《浙江中医》发表，杨恒杰《治疗夜间排尿性晕厥一例》，1983年在《江苏中医》发表。
1985年，全县区、乡各级医疗机构中都有中医科，有中医师26名。县医院中医科设病床25张。
二、西医
1949年8月，国民党军队退伍军医陈章生在三塔集当裁缝，曾为患者做尿道结石取出手术，为本县第一例外科手术。1950年8月，县卫生院初建时，内科可以处理一般常见病；外科仅能处理一些小外伤、切开浅表引流。1953年始有氙气修补、痔核手术。1954年谷奎身为于集治淮民工做截肢术，是为首例。1956年内科对常见病的诊断治疗有所进展，加上物理检查和辅助检查（三大常规化验）的临床应用，诊断治愈率不断提高。外科已能做肠阻塞破腹探查术和子宫瘤切除手术。
随着国内外医学科学的发展和先进的医疗器械的研制成功和推广应用，到80年代，本县医疗技术亦显著提高，内科能处理呼吸、循环、消化、泌尿、神经等系统较复杂的疑难病症。外科能做风湿性心脏病二尖瓣闭式分离术；胆羹、胆总管、胰腺、脾、肾、胃部分手术，肝部分切除术；输尿管取石和膀胱镜检查术。骨科可做胸、腰、椎结核病灶清除术；颈椎外伤高位截瘫椎管探查术；颈椎固定术；先天性髋关节脱位改良沙氏术；陈旧性颈骨骨折处理；先天性、后天性上下肢畸形；带血管蒂骨瓣移植；骨盆、截骨治疗肢体短缩畸形和麻痹轿形代肌健手术。妇产科能做子宫全切除及次广泛全切除术，膀胱阴道瘘修补术。小儿科可采用人工呼吸机加拍背吸痰加气管切开术，治疗多发性神经根炎伴呼吸肌麻痹。眼科能做人工晶体移植术及角膜移植术。
三、医疗
随着医疗技术的发展，社会服务效益日增。50年代，县、区医疗单位以门诊、出诊为主，除少数急重病人外，一般患者无住院习惯。1950年底，县卫生院仅设病床20张，收容恿者14人。1951年住院就诊109人次，1957年973人次。1959年猛增到2600人次，10年间住院患者治愈率占70％以上，死亡占3％—4％。门诊、出诊和巡诊，1951年为10735人次，1959年达71850人次，是1951年的6.66倍。60年代，县医院取消出诊制度。年住院3000多人次，治愈率占77％—80％，死亡率占5％—6％，门诊、巡诊亦逐年增多。“文化大革命”期间，医院秩序混乱、服务质量下降。中共十一届三中全会以后，拨乱反正，县、区、乡各级医疗机构都建立了一系列的管理制度。县医院从医德、医风入手，提出管理制度化、工作程序化、病区规格化、医疗护理规范化、卫生经常化的“五化”要求，服务质量显著提高。1985年，门诊162002人次。收容住院5908人，治愈率达90.7％，死亡率1.1％，被评为县文明单位和阜阳地区卫生先进单位。区、乡医院从治理“脏、乱、差”入手，按“六好”标准，开展创建文明单位活动。“六好”是“院容院貌好、医院秩序好、服务态度好、医疗质量好、经济管理好、领导工作好”。1985年7月，在阜阳地区卫生系统30个中心区医院的大检查评比中，阜南县柴集、方集、黄岗3个中心医院，分别被评为全地区的第一、二、三名，各荣获阜阳地区奖给的“万能手术床”1台。同年，在全县卫生系统检查评比中，地城、方集、赵集、柴集、黄岗、城郊6个区院和许堂、袁集、焦陂3个区分院以及赵集、地城等5个区防保站被评为先进单位，荣获各种医疗器械奖励。