(一)防汛
境内洪汛主要来自黄河溃堤入涡。每逢其时，亳州均成泽国。历代均以修筑堤防，疏浚泄洪河道为主要防汛抗洪手段。清代虽屡筑涡河堤防，但仅应一时之需，多数时间里处于有汛无防的状态。清嘉庆十八年（1813）九月，黄水泛滥，涡河破堤，冲塌民房10万余间。民国时期，在南部低洼易涝地区修筑了双沟油河堤防圈、古城堤防圈及部分易泛河道堤防，对防汛抗洪起了一定的作用。建国后，1950年全县大水成灾面积达125.58万亩。为根治外涝，境内进行了大规模的河网化建设，疏浚了主干河道，增强了泄洪蓄洪能力。1951年，将出水不畅的西淝河水截引入涡，降低了淝河水系集水量。在历时10年的河网化建设中，至1959年，共疏浚大河8条170.16公里，开挖新河6条、81公里，大沟24条、239.99公里，其中小沟渠1018条、1222公里，地头小沟6676条、334.8公里。全县排泄系统基本形成。1963年，亳县遭受特大水灾，农田成灾面积191.96万亩，水利设施多数被毁。1972年，防汛上工最高人数为20.7万人，完成防汛岁修工程土方1.1万立方米。70年代，全境水利设施日趋配套完善，对河流实施有效的监测控制，河岸堤防得到经常性加固，始终保持了泄洪河道的畅通。境内水灾隐患大幅度减少。1977年，夏防岁修完成土方30.5万立方米。1979年，防汛抗旱上工最高人数20万人。全县排水河道增加到28条、699.5公里，均实现了三级控制。另有排水大沟20条、257.3公里。一般洪峰均能安全蓄泄。1982年，针对建国以来实施的截引入涡工程，使涡河集水量增大，而涡河河道又淤塞严重而形成的隐患，由国家拨出105万元防汛经费，修筑了涡河堤防，防洪标准在10年一遇以上。1985年，全县堤防总长42.95公里，保护耕地100万亩，保护人口54.6万人。全县共有需防洪面积188万亩，现有防洪面积125万亩。堤防累计绿化长度42.95公里。全县蓄水工程容量为0.82亿立方米，其中塘坝库容0.03亿立方米，沟河库容0.79亿立方米。全年防洪上工最高人数为0.7万人。
（二）抗旱
亳州旱灾频繁，素有“十年九旱”之说。民国36年以前的37年中，境内共发生大旱7次，小旱9次。是时，抗灾能力低微，抗旱均系分散自发进行。建国后，通过兴修水利工程，抗灾能力增强。1951年，全县秋旱发生面积3.6万亩，当年抗旱灌溉1.2万亩。此后开展河网化工程建设和打塘挖并，扩大了蓄水库容和灌溉水源，至1959年，有效灌溉面积增加到4.5万亩。当年境内百日无雨，受旱面积达200多万亩，全县全民上阵，灌溉水稻16万亩，125万亩其他作物也均浇水2～3遍，粮食总产比上年增多1成。60年代以来，随着全县涵闸及配套设施的兴建，对水道排蓄能力实施控制，蓄水库容增大。1968年全县水利工程总蓄水量达到2200万立方米，其中用于灌溉的蓄水量为1200万立方米，保证了抗旱所需水源。1972年，全县发生旱灾，抗旱出工最高人数20.7万人，灌溉农田14.1万亩；并建成旱涝保收田36万亩。1976年，全县农田发生旱灾296943亩，当年抗旱上工最高人数26万人。1979年后，抗旱分户或联户进行。1984年，全县发生旱灾11525亩，全县抗旱出工最高人数达25万人，夺得了当年农业的丰收。1986年，全市受旱灾面积高达575449亩，全民上阵，动用一切人力和机电设备，充分发挥了水利工程效益，有力地抗御了旱灾，粮豆总产仍达到97655.4万斤。